一个店铺采用两种薪资制度是否合法，主要取决于这两种薪资制度是否均符合劳动法律法规的规定。具体来说，我们需要从以下几个方面进行分析：
遵守最低工资标准：
- 无论店铺采用何种薪资制度，都必须确保员工的薪资不低于当地规定的最低工资标准。这是劳动法的基本要求，任何薪资制度都不能违反。
薪资制度明确且公平：
- 店铺的薪资制度应该明确、具体，并且对所有员工公平。这意味着，如果店铺内存在两种薪资制度，那么这两种制度都应该被清晰地定义，并且员工应该能够了解并接受这些制度。
- 薪资制度的差异应该基于合理的因素，如岗位性质、工作难度、技能要求等，而不应基于歧视性或不合理的因素。
合法合规的薪资构成：
- 薪资构成应该合法合规，不能包含非法或违规的扣款项目。例如，不能随意克扣员工的工资作为押金或罚款等。
保障员工权益：
- 店铺应该保障员工的合法权益，包括薪资的按时支付、加班费的合理计算等。如果两种薪资制度在这些方面存在差异，那么必须确保每种制度都符合法律法规的要求。
综上所述，一个店铺采用两种薪资制度本身并不是违法的，但前提是这两种薪资制度都必须符合劳动法律法规的规定，确保员工的合法权益得到保障。如果店铺的薪资制度存在违法违规的情况，那么员工有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。因此，建议店铺在制定薪资制度时，务必咨询专业律师或法律顾问，确保制度的合法性和合规性。如果你有任何具体的薪资制度问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。