关于约定由被申请人所在地仲裁机构管辖条款的效力，核心结论在于：该条款的效力需结合案件具体情况判断，若能确定“被申请人所在地”且该地有唯一仲裁机构，则条款有效；反之，则可能无效。以下从不同角度进行详细分析：
一、条款有效的情形
“被申请人所在地”明确且唯一：
- 若根据案情，如双方当事人的住所地、合同履行地及合同签订地均明确指向为同一地点，且该地仅有一个仲裁机构，那么可以认定当事人约定了明确的仲裁机构，该仲裁协议有效。
- 例子：如双方在A地签订合同，且合同中约定“由被申请人所在地仲裁委员会仲裁”，而被申请人经常居住地、合同履行地均在A地，且A地仅有一个仲裁委员会，则该条款有效。
通过其他证据确定仲裁机构：
- 即使“被申请人所在地”在字面上不够明确，但如果通过其他证据，如双方的工作、生活记录、合同签订过程等，能够合理推断出双方约定的“被申请人所在地”具体指向，且该地有唯一仲裁机构，那么该条款同样有效。
- 例子：如双方虽未在合同中明确“被申请人所在地”为A地，但根据双方的工作记录、居住证明等证据，能够证明被申请人在合同签订时的主要生活和工作地均在A地，且A地有唯一仲裁机构，则该条款可视为有效。
二、条款无效的情形
“被申请人所在地”不明确：
- 若“被申请人所在地”在合同中约定不明确，且无法通过其他证据合理推断出具体指向，或者该地有多个仲裁机构，导致无法确定具体的仲裁机构，那么该条款可能被视为无效。
- 例子：如合同中仅约定“由被申请人所在地仲裁委员会仲裁”，但未明确被申请人的住所地或经常居住地，且被申请人在多个地方有住所或经常居住地，导致无法确定具体的仲裁机构，则该条款可能无效。
双方未达成补充协议：
- 若在合同履行过程中，双方就仲裁机构的选定发生争议，且无法达成补充协议，那么根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，该仲裁协议可能被视为无效。
- 法律依据：根据《中华人民共和国仲裁法》第十六条，仲裁协议应当具有选定的仲裁委员会这一内容。若无法确定具体的仲裁机构，则可能不符合仲裁协议的有效要件。
三、法律建议
明确约定仲裁机构：
- 为避免争议，建议在合同中明确约定具体的仲裁机构名称，而非仅约定“由被申请人所在地仲裁委员会仲裁”。
保留相关证据：
- 在合同签订和履行过程中，保留与“被申请人所在地”相关的证据，如居住证明、工作记录等，以备不时之需。
及时咨询专业律师：
- 若在合同履行过程中就仲裁机构的选定发生争议，建议及时咨询专业律师，以便采取合适的法律措施维护自身权益。
若您有任何关于仲裁协议或诉讼管辖的法律问题，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。