您的合同工资与实际发放工资不符的情况，劳动仲裁是可以接受处理的。针对您的情况，我将从以下几个方面进行详细分析：
一、法律分析
合同工资与实际工资不符的处理原则：
- 当实际工资高于合同工资时，通常视为双方以实际履行变更了合同工资约定，劳动者的权益一般不受损。
- 当实际工资低于合同工资时，用人单位构成违约。劳动者有权要求用人单位按合同约定支付工资，并可通过法律途径维护自身权益。
劳动仲裁的适用性：
- 劳动仲裁是解决劳动争议的一种有效方式。当劳动者与用人单位在工资支付等问题上发生争议时，可以向劳动仲裁委员会申请仲裁。
- 在您的情况下，由于合同工资与实际发放工资不符，且这种情况已经持续了三年，您完全有权向劳动仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位按合同约定补足工资差额。
二、操作建议
收集证据：
- 在申请劳动仲裁前，您需要收集能够证明实际工资数额的证据，如工资条、银行流水、工作证等。这些证据将有助于支持您的仲裁请求。
与用人单位协商：
- 在申请劳动仲裁前，您可以尝试与用人单位进行协商，要求其按合同约定支付工资。如果协商成功，则可以避免劳动仲裁的繁琐程序。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，您可以向劳动仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，您需要提交仲裁申请书、证据材料等文件。劳动仲裁委员会将依法进行审理，并作出裁决。
对仲裁结果不服的救济途径：
- 如果您对劳动仲裁委员会的裁决结果不服，可以在规定期限内向人民法院提起诉讼。人民法院将依法进行审理，并作出最终判决。
三、法律后果
用人单位的责任：
- 如果用人单位被认定存在违约行为，即未按照劳动合同约定支付工资，那么用人单位需要承担补足工资差额的责任。
- 此外，根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位还可能面临劳动行政部门的责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿等处罚。逾期不支付的，还可能被责令按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。
劳动者的权益保障：
- 通过劳动仲裁或诉讼途径，劳动者可以维护自己的合法权益，确保工资报酬与实际付出相符。
行动建议：鉴于您的情况已经持续了三年，且合同工资与实际发放工资存在明显差异，我建议您尽快收集相关证据，并与用人单位进行协商。如果协商无果，则应及时向劳动仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。