针对您提出的小区内开民宿没有得到本栋楼利害关系业主同意归哪个部门管的问题，结论前置如下：

1. 一般情况下，归当地房地产行政主管部门（如住建局或房管局）管理。
2. 若涉及治安或消防问题，则可能归公安机关或消防部门管理。

详细分析如下：

一、房地产行政主管部门管理

根据《物业管理条例》的相关规定，业主、物业服务企业等应当遵守法律、法规以及管理规约，不得损害公共利益和他人合法权益。在小区内开设民宿，若未得到本栋楼利害关系业主的同意，可能违反了管理规约或相关法律法规中关于业主共同决定事项的规定。此时，当地房地产行政主管部门（如住建局或房管局）作为物业管理的主管部门，有权对这类违规行为进行查处。

具体来说，您可以向当地房地产行政主管部门投诉，反映小区内存在未经利害关系业主同意开设民宿的情况。主管部门在接到投诉后，会进行调查核实，并根据相关规定对违规行为进行处罚或要求整改。

二、公安机关或消防部门管理

除了房地产行政主管部门外，如果民宿的开设还涉及治安或消防问题，那么公安机关或消防部门也可能成为管理主体。

• 公安机关：如果民宿的开设导致小区内治安秩序混乱，或者存在其他违反治安管理规定的行为，您可以向当地公安机关报案。公安机关在接到报案后，会依法进行调查处理。
• 消防部门：如果民宿的开设存在消防安全隐患，或者未按照消防规定进行装修和布置，您可以向当地消防部门举报。消防部门在接到举报后，会进行消防安全检查，并对存在的消防安全隐患进行整改或处罚。

三、建议与注意事项

1. 收集证据：在投诉或举报前，建议您先收集相关证据，如照片、视频、证人证言等，以证明民宿的开设确实未经利害关系业主同意，或者存在其他违规行为。
2. 了解规定：在投诉或举报前，建议您先了解当地关于小区内开设民宿的相关规定和管理要求，以便更准确地反映问题和提出诉求。
3. 保持沟通：在投诉或举报过程中，建议您与相关部门保持沟通，及时了解处理进展和结果，并根据需要提供进一步的证据或信息。

若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供有针对性的法律建议和解决方案。