公司不能仅以领导组织全部门代打卡为由，单独辞退某一个员工，除非该员工确实存在代打卡行为且严重违反了公司规章制度。以下从不同角度进行分析：

一、代打卡行为与公司规章制度

1. 代打卡的违规性：代打卡行为通常被视为对公司考勤制度的严重违反。如果公司规章制度中明确规定了代打卡为严重违纪行为，并明确了相应的处罚措施，包括辞退，那么公司有权依据规章制度对涉事员工进行处理。

2. 规章制度的合法性：然而，公司规章制度必须合法有效，且经过民主程序制定并公示。如果规章制度本身存在违法或不合理之处，或者未经过民主程序制定和公示，那么公司依据该规章制度辞退员工可能会面临法律风险。

二、单独辞退某一员工的合理性

1. 公平性原则：在处理代打卡问题时，公司应遵循公平性原则。如果领导组织全部门代打卡，但公司仅单独辞退某一个员工，而未对其他涉事员工进行处理，这种做法可能缺乏公平性，容易引发劳动争议。

2. 证据充分性：公司辞退员工必须基于充分的证据。如果公司无法证明某个员工确实存在代打卡行为，或者无法证明该行为对公司造成了严重损失，那么公司辞退该员工可能会被视为违法解除劳动合同。

三、法律后果与建议

1. 违法解除劳动合同的后果：如果公司违法解除劳动合同，员工有权要求公司继续履行劳动合同或者支付赔偿金。赔偿金的标准通常为经济补偿的两倍，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。

2. 建议：

   • 公司角度：公司应完善考勤制度，明确代打卡等违规行为的处罚措施，并确保规章制度的合法性和有效性。在处理代打卡问题时，公司应遵循公平性原则，对所有涉事员工进行一致处理。
   • 员工角度：员工应遵守公司规章制度，不得参与代打卡等违规行为。如果员工认为公司处理不当，可以通过劳动仲裁等法律途径维护自己的合法权益。

举例说明：假设某公司规章制度中明确规定了代打卡为严重违纪行为，并明确了辞退的处罚措施。某日，公司发现全部门存在代打卡现象，但仅能证明员工A确实存在代打卡行为。在此情况下，公司可以依据规章制度辞退员工A，但应对其他无法证明存在代打卡行为的员工进行妥善处理，以避免引发劳动争议。

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