如果加盟店销售的食品质量有问题，具体起诉加盟店还是总店，需根据实际情况判断，以下分情况说明：
若加盟店独立经营、自负盈亏，且总店未直接参与食品生产销售：
- 通常情况下，应起诉加盟店。因为加盟店作为独立法人或个体工商户，需对其销售行为及食品质量负责。
- 例如，加盟店自行采购原料、生产食品并销售，若食品存在质量问题，消费者应直接向加盟店主张权利。
若总店对加盟店有严格的质量控制，且质量问题源于总店：
- 若总店提供原料、配方或生产标准，且因总店原因导致食品质量问题，消费者可考虑将总店和加盟店列为共同被告。
- 例如，总店提供的原料存在质量问题，或总店制定的生产标准不符合食品安全要求，导致加盟店销售的食品出现问题，此时总店和加盟店均可能承担责任。
若加盟合同中有特别约定：
- 需仔细审查加盟合同，看是否有关于食品质量责任的特别约定。若合同中明确规定总店对食品质量承担最终责任，或加盟店在特定情况下可免责，则需根据合同约定来确定起诉对象。
- 例如，合同中约定总店负责提供符合标准的原料，若因原料问题导致食品质量问题，则总店需承担责任。
法律建议：
- 在起诉前，建议消费者先收集相关证据，如购买凭证、食品质量检测报告、与加盟店或总店的沟通记录等。
- 若不确定起诉对象，可咨询专业律师，律师会根据具体情况分析责任主体，并帮助消费者制定合适的诉讼策略。
可能后果：
- 若起诉对象正确且证据充分，消费者可能获得赔偿，包括退货款、赔偿金等。
- 若起诉对象错误或证据不足，可能导致诉讼失败，消费者需承担诉讼费用及时间成本。
总结：在加盟店销售的食品质量有问题时，起诉加盟店还是总店需根据实际情况判断。消费者应仔细审查加盟合同、收集相关证据，并在必要时咨询专业律师，以制定合适的诉讼策略。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。