在起诉加盟店时，应列总公司还是实际经营者为被告，需根据具体情况分析，一般有以下两种情况：
若实际经营者以总公司名义经营，或存在表见代理等情形：
- 在这种情况下，由于实际经营者的行为可能被视为总公司的行为，或者相对方有理由相信实际经营者有权代表总公司进行经营，因此，将总公司列为被告是合理的。例如，如果加盟店使用了总公司的商标、商号，且对外宣传时明确表明自己是总公司的加盟店，那么消费者或合作伙伴有理由相信其是在与总公司进行交易。此时，若发生纠纷，将总公司列为被告，有助于保护相对方的合法权益，也符合商业惯例和法律规定。
若实际经营者以自己名义独立经营，且与总公司无直接关联：
- 在这种情况下，实际经营者应独立承担民事责任。如果加盟店虽然与总公司有加盟关系，但在经营过程中，实际经营者以自己的名义进行经营，且总公司的行为并未直接参与到纠纷中，那么将实际经营者列为被告是更合适的选择。例如，加盟店在经营过程中，自行采购、销售，自行承担盈亏，且未使用总公司的商标、商号等，那么此时发生纠纷，应直接起诉实际经营者。
法律建议：
- 在起诉前，应尽可能收集相关证据，如加盟合同、交易记录、宣传资料等，以明确实际经营者与总公司的关系，以及各自在纠纷中的责任。
- 如果对实际经营者与总公司的关系存在疑问，或者无法确定应起诉谁，可以咨询专业律师进行法律分析，以便更准确地确定被告。
- 在起诉时，应明确诉讼请求和事实理由，确保诉讼的针对性和有效性。
可能后果：
- 如果错误地将总公司或实际经营者列为被告，可能会导致诉讼进程受阻，甚至被法院驳回起诉。
- 正确的被告选择有助于保护自身合法权益，提高诉讼效率，降低诉讼成本。
举例说明：
假设某消费者在一家加盟店购买了商品，后发现商品存在质量问题。如果加盟店在经营过程中明确使用了总公司的商标、商号，且对外宣传时表明自己是总公司的加盟店，那么消费者在起诉时可以将总公司列为被告。反之，如果加盟店以自己名义独立经营，且未使用总公司的任何标识，那么消费者应起诉实际经营者。
总之，在起诉加盟店时，应仔细分析实际情况，明确被告身份，以确保诉讼的顺利进行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。