针对您提出的“盖了单位章但是修改了离职申请，算有效的离职申请吗”这一问题，我们需要从几个方面来详细分析。

首先，离职申请的有效性主要取决于两个核心要素：一是申请的内容是否真实反映了离职者的意愿；二是申请是否经过了合法的程序和授权，包括但不限于单位相关部门的审核和盖章确认。

1. 关于盖章：

   • 单位章，尤其是公章或人事部门专用章，在离职申请上通常代表着单位对离职申请的认可和确认。如果离职申请上盖有单位章，这在一定程度上表明单位已经知晓并同意了离职申请的内容。

2. 关于修改：

   • 如果在盖章后对离职申请进行了修改，那么修改的内容是否有效就取决于修改的性质和单位的态度。
   • 如果修改是双方协商一致的结果，并且单位再次确认了修改后的内容（例如通过重新盖章或书面确认），那么修改后的离职申请仍然是有效的。
   • 如果修改是单方面的，且没有得到单位的再次确认，那么修改的部分可能不会被单位认可，此时离职申请的有效性可能会受到质疑。

3. 综合判断：

   • 仅仅因为离职申请上盖了单位章，并不能直接断定修改后的离职申请一定有效。关键在于修改是否得到了单位的认可和确认。
   • 如果修改后的内容与单位意愿相符，且单位以某种形式（如重新盖章、书面确认等）表示了同意，那么修改后的离职申请就是有效的。
   • 如果修改后的内容与单位意愿不符，或者单位没有表示同意，那么修改后的离职申请可能不会被视为有效。

建议：

• 在签署或修改离职申请时，务必确保所有内容都真实反映了您的意愿，并且得到了单位的明确认可和确认。
• 如果对离职申请的内容有任何疑问或需要修改，建议与单位的人力资源部门或相关负责人进行充分沟通，并确保修改后的内容得到单位的书面确认。
• 在处理劳动关系变动时，保持谨慎和理性，避免因为疏忽或误解而引发不必要的劳动纠纷。

综上所述，盖了单位章但修改了的离职申请是否有效，取决于修改是否得到了单位的认可和确认。在处理此类问题时，建议遵循合法、合规的原则，确保所有步骤都得到妥善处理和记录。