一般情况下，工伤认定两年后公司很难推翻该认定，但存在特殊情形时仍有可能性。以下从不同角度进行分析：
常规情况：难以推翻
法律程序限制：
- 行政复议期限通常为自知道具体行政行为之日起六十日内，提起行政诉讼期限是自知道或应当知道作出行政行为之日起六个月内。工伤认定作出两年后，早已超过这些法定救济途径的时间限制，正常途径难以再次审查并推翻原认定。
- 例如，小何在工作中受伤，社会保险行政部门作出工伤认定结论。两年后，公司认为该认定有误，主张小何并非因工作原因受伤，想要推翻工伤认定。但由于公司已错过申请行政复议和提起行政诉讼的法定时间，且未能提供新的、足以推翻原认定结论的证据，所以很难推翻该工伤认定。
新证据获取困难：
- 若要推翻工伤认定结论，必须有新的、足够有力的证据。比如，认定时存在重大误解，有新发现的关键证人能证明事发时的真实情况，或是出现了能表明并非工伤的物证；又或者原认定依据的事实被新证据证实是虚假的。
- 然而在实际中，两年时间跨度较长，要获取新证据困难重重。随着时间推移，证人可能难以寻找，关键物证也可能丢失或损坏。例如，公司虽提出部分事实可能虚假，但拿不出确凿证据，就不符合推翻工伤认定的法定情形，实践中很难成功推翻该工伤认定。
特殊情况：存在推翻可能性
新证据出现：
- 若有新的、足以推翻原工伤认定的证据出现，就有可能改变结果。比如，发现当时认定所依据的关键事实是虚假的，可能是证人作伪证或者材料造假。
- 例如，用人单位表示有新证据能证明小朱并非在工作中受伤，不应认定为工伤。但最终能否成功推翻工伤认定，需结合证据的具体情况判断。如果该新证据确实充分、合理且符合要求，那么有可能推翻原工伤认定。
程序违法且影响结果公平性：
- 若存在严重违反法定程序且可能影响认定结果公平性的情况，像认定过程中未按规定进行调查、听取当事人意见等，也有可能成为推翻工伤认定的理由。不过，这种情况同样需要充分的证据来支持。
法律建议：
- 对于公司而言，如果认为工伤认定有误，应在规定的行政复议和行政诉讼期限内及时提出异议，并积极收集相关证据。一旦超过期限，再想推翻将面临极大的困难。
- 对于劳动者来说，如果工伤认定已经作出且超过法定救济期限，一般情况下可以放心该认定的法律效力。但如果公司提出新的证据或理由试图推翻，劳动者也应积极应对，维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果公司无法提供新的、足够有力的证据，且已错过法定救济途径，那么工伤认定将继续有效，公司需要按照工伤认定结果承担相应的责任，如支付工伤赔偿等。
- 如果公司能够提供充分的证据证明原工伤认定存在错误，且符合法定推翻情形，那么原工伤认定可能被推翻，这将影响劳动者能否获得工伤赔偿以及赔偿的数额等。
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