单位申请的工伤认定两年半后一般难以被单位推翻。以下是对此问题的详细分析：

1. 工伤认定的法律效力：

   • 工伤认定是社会保险行政部门根据相关法规作出的行政决定，一旦作出，即具有法律效力。
   • 通常情况下，工伤认定结论作出两年后，其法律效力更加稳定，难以被推翻。

2. 推翻工伤认定的条件：

   • 若要推翻工伤认定结论，必须有新的、足够有力的证据。这些证据可能是新发现的关键证人证言、物证，或是能够证明原认定依据的事实是虚假的证据。
   • 新证据的出现必须是在原工伤认定过程中未被发掘的，且现在得以呈现，足以推翻原工伤认定结论。

3. 推翻工伤认定的难度：

   • 在实际中，由于两年时间跨度较长，要获取新证据困难重重。证人可能难以寻找，关键物证也可能丢失或损坏。
   • 此外，行政复议或行政诉讼都有时间限制，通常需在收到工伤认定决定之日起60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。工伤认定作出两年后，基本已错过这些法定救济途径。

4. 特殊情况：

   • 尽管一般情况下难以推翻，但如果存在原工伤认定过程中严重的程序违法行为，如负责认定的工作人员与案件有利害关系却未回避，影响了认定结果的公正性，或者认定过程中严重违反了法定程序来收集证据，那么即使时间已过两年，也可以通过法定途径来申请纠正这一错误的工伤认定。

综上所述，单位申请的工伤认定两年半后，由于时间跨度长、新证据获取难以及错过法定救济途径等因素，一般难以被推翻。然而，在特定条件下，如新证据的出现或原认定程序的严重违法，仍有可能通过法定途径进行纠正。因此，在处理此类问题时，应综合考虑各种因素，并严格遵循相关法律法规的规定。