结论前置：休年休假期间，用人单位不应扣除原本应支付的国庆节加班费，因为年休假是员工的法定权利，且加班费是对员工在法定节假日工作的补偿，两者性质不同，不应相互抵消。
法律背景与解释
年休假的性质：
- 根据《职工带薪年休假条例》，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，年休假是员工的法定休息权利，用人单位应当保证员工享受，且不得因此降低员工的工资待遇。
加班费的性质：
- 加班费是用人单位因员工在法定节假日、休息日或超出正常工作时间工作而支付的额外报酬。根据《劳动法》及相关规定，员工在法定节假日工作的，用人单位应支付不低于工资百分之三百的工资报酬作为加班费。
两者不应相互抵消：
- 年休假和加班费是两种不同的劳动权益，分别对应员工的休息权和额外劳动报酬权。用人单位不能因员工休年休假而扣除其原本应得的国庆节加班费。这种做法违反了劳动法的相关规定，也损害了员工的合法权益。
法律建议与可能的法律后果
法律建议：
- 如果用人单位在员工休年休假期间扣除其国庆节加班费，员工有权向用人单位提出异议，并要求用人单位补发被扣除的加班费。
- 若用人单位拒绝补发，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过劳动争议仲裁、诉讼等法律途径维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 用人单位因违法扣除员工加班费而可能面临的法律后果包括：被劳动监察部门责令改正、处以罚款；在劳动争议仲裁或诉讼中被裁决或判决支付被扣除的加班费及可能的经济补偿；以及因违法行为而损害企业形象和信誉等。
实际操作中的注意事项
- 员工在休年休假前，应与用人单位明确年休假期间的工资待遇及加班费支付情况，避免产生不必要的纠纷。
- 用人单位应严格遵守劳动法律法规，保障员工的合法权益，避免因违法行为而引发劳动争议和法律风险。
总结：休年休假期间，用人单位不应扣除员工原本应得的国庆节加班费。员工应了解自己的劳动权益，并在必要时通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。