如果对方公司怀疑我们和他的员工收回扣，而我们并没有这样做，应当明确否认并积极配合调查以澄清事实。以下是我给出的具体建议：

一. 明确否认并表达合作意愿

1. 正式回应：首先，应以书面形式或正式会议的形式，明确否认对方公司的指控，表明我们并未与其员工有任何收回扣的行为。
2. 表达合作意愿：同时，表达我们愿意配合对方公司进行任何形式的调查，以澄清事实，消除误会。

二. 提供证据证明清白

1. 业务往来记录：提供与对方公司业务往来的所有记录，包括合同、发票、付款凭证等，以证明交易的合法性和透明性。
2. 员工行为准则：展示公司的员工行为准则或道德规范，以及相关的培训记录，证明公司严禁员工参与任何形式的腐败行为。
3. 内部审计报告：如果可能，提供公司内部审计的报告，证明公司财务的合规性和员工行为的正当性。

三. 要求对方提供证据

1. 正式要求：如果对方公司继续坚持指控，应正式要求其提供确凿的证据来支持其说法。
2. 评估证据：在收到对方提供的证据后，应认真评估其真实性和合法性，必要时可寻求专业机构的帮助进行鉴定。

四. 寻求法律途径解决争议

1. 法律咨询：如果双方无法就指控达成一致，应考虑寻求法律咨询，了解自身的法律权益和可能的法律途径。
2. 法律诉讼：在必要时，可以通过法律诉讼来维护公司的名誉和权益，要求对方公司承担因其无端指控所造成的损失。

我建议，在整个过程中，保持冷静和理性，避免情绪化的回应。同时，加强公司内部的合规管理，确保员工行为的正当性和合规性，以预防类似事件的再次发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。