乙方可以采取以下措施来应对甲方拿着没有签字的单子扣除工程款的情况：
核实单子的真实性及合法性：
- 乙方应首先核实甲方所持单子的真实性，确认该单子是否确实为乙方未签字的文件，以及该单子上的内容是否真实反映了工程情况。
- 同时，乙方需要审查该单子是否符合合同约定或相关法律法规的规定，特别是关于工程款扣除的条款。若单子内容违法或违反合同约定，乙方有权拒绝接受该单子作为扣除工程款的依据。
与甲方进行沟通协商：
- 乙方应主动与甲方进行沟通，了解甲方扣除工程款的具体原因和依据。
- 在沟通过程中，乙方可以提出自己的异议和理由，要求甲方提供充分的证据来支持其扣除工程款的行为。
- 若双方能够达成一致意见，可以签订书面协议明确工程款的具体数额和支付方式，以避免后续纠纷。
收集证据并准备法律诉讼：
- 若沟通协商无果，乙方应开始收集相关证据，包括但不限于合同文本、工程进度记录、验收报告、沟通记录等，以证明自己的权益。
- 乙方可以依据收集到的证据，向法院提起诉讼或申请仲裁，要求甲方支付被扣除的工程款及可能产生的违约金或利息。
- 在诉讼或仲裁过程中，乙方需要遵循法律程序，提供充分的证据来支持自己的主张。
寻求专业法律帮助：
- 在整个过程中，乙方可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保护。
- 律师可以为乙方提供法律咨询、代理诉讼或仲裁等服务，帮助乙方制定合理的维权策略。
法律背景及建议：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规的规定，合同双方应当遵循诚实信用原则，按照合同约定履行各自的义务。若甲方无正当理由扣除工程款，乙方有权要求甲方支付相应款项。
- 在处理此类纠纷时，乙方应保持冷静和理性，避免采取过激行为导致纠纷升级。同时，乙方应积极收集证据，为后续的法律诉讼或仲裁做好准备。
可能的法律后果：
- 若乙方能够提供充分的证据证明甲方无正当理由扣除工程款，法院或仲裁机构可能会判决甲方支付被扣除的工程款及可能产生的违约金或利息。
- 若乙方未能提供充分的证据或法律程序存在瑕疵，可能会导致乙方维权失败或承担不利的法律后果。
因此，建议乙方在处理此类纠纷时，务必保持谨慎和理性，积极收集证据并寻求专业法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。