核心结论：在工程结算时，若甲方持有未经乙方签字的扣款单子，乙方可通过明确拒绝认可、要求提供合法依据、协商解决、申请第三方调解或仲裁、提起诉讼等途径，促使甲方依法依规进行结算。

具体分析：

1. 明确拒绝认可：

   • 乙方应首先明确向甲方表示，对于未经其签字的扣款单子不予认可。因为根据一般的合同原则和结算惯例，任何对合同价款的调整或扣减，都应当经过双方协商一致，并以书面形式确认。未经乙方签字的扣款单子，对乙方不具有法律约束力。

2. 要求甲方提供合法依据：

   • 乙方可以要求甲方提供扣款的合法依据，包括但不限于合同条款、法律法规、工程变更单、验收报告等。如果甲方无法提供充分的合法依据，那么乙方有权拒绝接受该扣款。

3. 协商解决：

   • 在明确拒绝认可并要求提供合法依据后，乙方可以与甲方进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。协商过程中，乙方应坚持自己的合法权益，同时也要考虑甲方的合理诉求，以达成公平合理的结算协议。

4. 申请第三方调解或仲裁：

   • 如果协商无果，乙方可以考虑申请第三方调解或仲裁。调解或仲裁机构可以根据双方提供的证据和事实，作出公正的裁决。这种方式相对诉讼来说，更加灵活、高效，且成本较低。

5. 提起诉讼：

   • 作为最后的手段，如果其他方式都无法解决问题，乙方可以向人民法院提起诉讼，要求甲方依法进行结算。在诉讼过程中，乙方需要提供充分的证据来证明自己的主张，包括合同、结算单、扣款单子（未经签字）、沟通记录等。

行动建议：

• 在处理此类问题时，乙方应保持冷静和理性，避免与甲方发生不必要的冲突。
• 乙方应妥善保管所有与工程结算相关的文件和证据，以备不时之需。
• 如果乙方对法律程序不熟悉或担心自己的权益无法得到保障，可以寻求专业法律人士的帮助。

在整个过程中，乙方应坚持自己的合法权益，同时也要尊重甲方的合理诉求，以达成公平合理的结算协议。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。