结论：农村自建房房产证登记为他人名下，但卖方通过协议出售房屋的行为，其法律效力需结合具体情况分析，可能面临无效或部分无效的风险。

一、协议可能无效的情形

1. 无权处分：

   • 根据《民法典》的相关规定，若房产证登记为他人名下，卖方并非房屋的合法所有权人，则其出售房屋的行为构成无权处分。
   • 在此情况下，除非得到真正所有权人的追认，否则该出售协议通常会被认定为无效。

2. 违反法律强制性规定：

   • 农村自建房的买卖可能受到地方性法规或政策的限制，如某些地区可能禁止非本村集体经济组织成员购买农村房屋。
   • 若出售协议违反了此类强制性规定，该协议同样可能被认定为无效。

二、协议可能部分有效或可补正的情形

1. 事后追认：

   • 如果真正所有权人事后对出售协议进行了追认，即表示同意卖方出售房屋，那么该协议可能因此获得法律效力。
   • 追认可以通过书面形式进行，也可以是通过实际行为（如接受购房款、交付房屋等）来表明。

2. 善意取得：

   • 在某些情况下，如果买方是善意的（即不知道且不应知道卖方无权处分），并且支付了合理的对价，同时已经办理了房屋过户手续（尽管在此案例中可能因房产证问题而无法办理），那么买方可能依据善意取得制度获得房屋的所有权。
   • 但需要注意的是，由于房产证登记为他人名下，善意取得的适用可能会受到限制。

3. 合同补正：

   • 如果出售协议存在瑕疵（如无权处分），但双方可以通过补充协议、变更协议等方式进行补正，使得协议符合法律要求，那么该协议可能因此获得法律效力。

三、法律建议与风险提示

1. 核实房屋权属：

   • 在购买农村自建房前，务必核实房屋的权属情况，包括房产证登记信息、房屋建设审批手续等。
   • 避免购买权属有争议的房屋，以减少法律风险。

2. 签订合法有效的协议：

   • 确保出售协议的内容合法、有效，明确双方的权利和义务。
   • 协议中应包含房屋的权属情况、交易价格、付款方式、过户时间等关键条款。

3. 咨询专业律师：

   • 在涉及农村自建房买卖时，建议咨询专业律师，以获取更准确的法律意见和风险评估。
   • 律师可以帮助审查协议内容，确保协议的合法性和有效性。

4. 风险提示：

   • 购买权属有争议的农村自建房可能面临协议无效、房屋被收回、无法办理过户等风险。
   • 因此，在购买前务必进行充分的调查和了解，以降低法律风险。

总结：农村自建房房产证登记为他人名下时，卖方通过协议出售房屋的行为可能面临无效或部分无效的风险。在购买此类房屋时，务必核实房屋的权属情况，签订合法有效的协议，并咨询专业律师以获取更准确的法律意见和风险评估。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。