结论：房产证是本人的，但手写了协议，该协议是否有效需根据具体情况判断，包括协议内容、签订过程、双方意思表示等因素。以下从多个角度进行详细分析：
协议内容合法性：
- 若手写协议的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方意思表示真实，则该协议在法律上通常是有效的。例如，协议中约定了房屋的使用、收益、处分等权利义务，且这些约定不违反法律规定，那么该协议就具有法律效力。
协议签订过程：
- 协议的签订应当遵循自愿、公平、诚实信用的原则。如果协议是在双方自愿、平等的基础上签订的，且没有欺诈、胁迫等情形，那么该协议的有效性就得到了保障。反之，如果协议是在一方欺诈、胁迫下签订的，或者存在重大误解、显失公平等情形，那么该协议可能被撤销或认定为无效。
双方意思表示：
- 双方的意思表示是协议有效的关键。如果双方对手写协议的内容有明确的理解，并且都表示同意，那么该协议就具有法律效力。如果一方对协议内容存在误解，或者双方对协议内容存在争议，那么该协议的有效性就可能受到影响。
协议形式与房产证的关系：
- 房产证是房屋所有权的法律凭证，而手写协议则是双方对房屋相关权利义务的约定。房产证的存在并不影响手写协议的法律效力，但手写协议的内容不能与房产证上的记载相冲突。例如，如果房产证上明确记载了房屋的所有权归属，而手写协议中却约定了与房产证相悖的内容，那么该部分内容可能因违反法律规定而无效。
特殊情况下的协议效力：
- 如果手写协议涉及房屋买卖、赠与等需要办理登记手续的情形，那么仅签订协议并不足以产生物权变动的效力。根据《民法典》的相关规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。因此，在这种情况下，即使手写协议有效，也需要办理相应的登记手续才能产生物权变动的效力。
建议：
- 如果您对手写协议的法律效力存在疑问，或者担心协议可能存在的法律风险，建议您及时咨询专业律师，对协议内容进行审查，并提供法律意见。
- 在签订任何涉及房屋权利义务的协议时，都应当谨慎对待，确保协议内容合法、明确、无歧义，并尽可能采用书面形式签订，以便在发生争议时能够提供有力的证据支持。
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