关于农村房子不能过户，只能通过协议进行过户的情况，其法律效力需根据具体情况来综合判断。以下是对此问题的详细解析：
协议有效的情形
同一集体经济组织成员间的交易：
- 若农村房屋是在同一集体经济组织（如同村）的成员之间进行买卖，且双方签订的协议内容真实、合法，不违反法律法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么这样的协议是具有法律效力的。例如，同村村民之间就房屋位置、价格、付款方式等达成明确约定的买卖协议，自双方签字时即成立并生效。
通过合法途径取得：
- 如果农村房屋是通过法院的判决书、调解书或合法的继承程序取得的，那么相关的文书或协议同样具有法律效力。权利人可以依据这些文书享有相应的权益，并在后续办理过户手续。
协议内容合法：
- 协议的内容必须合法，不得侵犯他人的合法权益，也不得违反法律法规的禁止性规定。只要协议内容合法，即使暂时无法办理过户手续，协议本身也是有效的。
协议无效的情形
向非集体经济组织成员转让：
- 农村宅基地属于农民集体所有，其使用权与特定身份关系相联系。因此，向本集体经济组织以外的人（包括城镇居民和其他集体经济组织成员）转让农村房屋的协议，通常会被认定为无效。这是因为此类转让违反了法律对农村宅基地流转的强制性规定。
违背“一户一宅”原则：
- 我国农村宅基地实行“一户一宅”制度。如果买卖房屋导致受让方违反这一原则，即已拥有一处宅基地的村民再次购买同村房屋，那么这样的协议可能会被认定无效。
违法建筑或协议内容违法：
- 如果房屋本身是违法建筑，或者协议中包含违法内容（如侵犯他人权益、违反法律法规的禁止性规定等），那么这样的协议也是无效的。
过户手续的重要性
尽管合法合规的协议具有法律效力，能够证明买卖或转让关系，但过户手续仍然是确保房屋产权真正转移的关键步骤。未办理过户手续可能导致未来产生产权纠纷，影响权利人的合法权益。因此，即使签订了有效的协议，也应尽快办理过户手续以避免潜在风险。
建议与指导
- 在进行农村房屋买卖或转让时，建议咨询专业律师以确保协议的合法性和有效性。
- 务必遵守相关法律法规和政策规定，避免签订无效协议或产生不必要的法律纠纷。
- 如果可能的话，应尽快办理过户手续以保障自身权益。
综上所述，农村房子不能过户时协议的效力取决于多个因素。在签订协议前，最好详细了解相关法律法规和政策规定，以确保自身权益不受损害。