结论：下暴雨停工时，公司拿后面的休假补贴来抵扣是否合法，需视具体情况而定。

分析：

1. 极端暴雨，政府部门统一通知停工停产的情况：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十二条，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。
   • 在这种情况下，劳动者未提供劳动并非因其自身原因，而是由于极端天气导致的停工停产。因此，公司不能扣发工资或用年休假抵扣。若公司试图这样做，是违法的。

2. 一般暴雨，未导致政府部门统一通知停工停产的情况：

   • 一般情况下，单位不会因暴雨停工、停产。劳动者因强降雨导致堵车、道路不通等原因缺勤或迟到，并非劳动者自身所导致，但因不属于《工资支付暂行规定》第十二条规定的情形，劳动者不能享受前述规定中的劳动报酬。
   • 在这种情况下，用人单位可以据此安排以年休假抵扣或扣发相应工资，但前提是必须与劳动者进行充分协商，并确保协商过程合法合规。若劳动者不同意用年休假抵扣或扣发工资，公司不能单方面强制执行。

3. 暴雨已达到威胁生命安全的程度，构成不可抗力的情况：

   • 若暴雨已达到威胁生命安全的程度，构成不可抗力，用人单位不能因劳动者迟到扣发工资或用年休假抵扣。
   • 在这种情况下，劳动者有权拒绝到岗工作，且无需对此承担任何责任。若用人单位以此为由开除劳动者，属于违法解除劳动合同，应向劳动者支付相应赔偿金。

建议：

• 劳动者在遇到暴雨难以按时到岗情形时，应及时联系用人单位并告知相关情况。
• 若能够与用人单位协商一致居家办公，则用人单位应当支付工资。
• 若不能居家办公，劳动者应按规定履行单位内部请假程序，与用人单位就使用年休假进行抵扣或工资发放问题进行协商。
• 若协商无果，劳动者可以寻求法律援助或向劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。

法律后果：

• 若公司违法扣发工资或用年休假抵扣，劳动者有权要求公司补发工资或恢复年休假，并可能获得相应的经济补偿。
• 若公司因此开除劳动者，属于违法解除劳动合同，应向劳动者支付相应赔偿金。

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