台风停工期间，公司安排年假是否合法需分情况讨论：
若劳动合同或规章制度有明确约定：
- 根据《企业职工带薪年休假实施办法》第九条，用人单位有权根据生产、工作的具体情况，并考虑职工本人意愿，统筹安排年休假。这意味着，如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了台风等不可抗力导致停工时，公司可以安排年假，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司的做法是合法的。
- 在此情况下，员工应当遵守公司的安排，享受年假待遇。
若劳动合同或规章制度无明确约定：
- 公司单方面安排年假可能缺乏法律依据。虽然用人单位有统筹安排年休假的权利，但这一权利并非无限制的。在缺乏明确约定的情况下，公司单方面决定在台风停工期间安排年假，可能侵犯了员工的自主选择权。
- 员工有权拒绝公司的安排，并要求公司按照正常工资标准支付停工期间的工资。如果公司坚持安排年假并扣减相应工资，员工可以通过劳动仲裁等途径维护自己的合法权益。
额外建议与法律背景：
- 沟通协商是关键：在台风停工期间，公司应与员工进行充分沟通，协商确定停工期间的待遇问题。如果双方能够达成一致意见，那么无论安排年假还是支付正常工资，都是合法的。
- 关注地方性规定：不同地区可能对于台风等不可抗力导致的停工有具体的地方性规定。因此，在处理此类问题时，公司还应关注并遵守当地的相关规定。
- 法律后果：如果公司违法安排年假或扣减工资，员工有权向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。一旦查实，公司可能面临支付赔偿金、恢复员工待遇等法律后果。
总结与行动指南：
- 对于员工：首先查看劳动合同和公司规章制度中是否有关于台风停工期间安排年假的明确约定。如果有，则遵守约定；如果没有，则与公司沟通协商，或考虑通过法律途径维护自己的权益。
- 对于公司：在制定规章制度时，应明确台风等不可抗力导致停工时的待遇问题，以避免后续纠纷。同时，在处理此类问题时，应充分与员工沟通协商，尊重员工的自主选择权。
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