核心结论：小厂未签合同且员工自动离职三天，工资计算需分情况讨论，但无论何种情形，员工均有权获得应得劳动报酬。以下是具体分析：

1. 未签劳动合同不影响工资结算

根据《劳动合同法》第十条、第八十二条，用人单位未与劳动者签订书面劳动合同，需自用工次月起支付双倍工资（最长11个月），但这与工资结算本身无关。即使未签合同，员工已提供的劳动仍应获得对应报酬，工资计算方式与正式员工一致，即按实际出勤天数或约定标准结算。

2. 自动离职的工资计算规则

• 若员工未提前通知直接离职：根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系解除时，用人单位应一次性结清工资。但若员工未履行提前30日书面通知义务（试用期提前3日），可能需承担用人单位因临时缺员产生的直接经济损失（需用人单位举证）。不过，工资仍需全额支付，不得以“未提前通知”为由克扣。
  
• 若员工已提前通知后离职：工资按实际出勤天数计算。例如，工作3天则支付3天工资，计算方式为：月工资÷21.75（月计薪天数）×实际出勤天数。

3. 小厂可能存在的违法情形及应对

• 未签合同：可主张自用工次月起至离职日的双倍工资差额（需保留工作证据，如工资条、考勤记录、工作证等）。
  
• 未缴社保：可要求用人单位补缴社保。
  
• 克扣工资：若用人单位以“未签合同”“自动离职”等理由拒付工资，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，主张工资及可能的赔偿。

4. 操作建议

• 保留证据：收集能证明劳动关系的材料（如工资转账记录、同事证言、工作群聊天记录等）。
  
• 协商解决：先与用人单位沟通，要求按实际出勤结算工资并补缴社保。
  
• 法律途径：若协商无果，可在离职后1年内申请劳动仲裁，主张工资、双倍工资差额等权益。

总结：无论是否签合同，自动离职不影响工资结算的核心权利，但需注意保留证据以维护自身权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。