结论是：合同里只写基本工资3000元，但入职时确定好9000元发放，这种做法在法律上并不直接构成违法，但可能存在法律风险和纠纷隐患，具体要看双方的实际履行情况和证据留存。下面我从几个角度详细分析一下：
一、合同条款的效力
首先，我们要明确的是，合同是双方意思表示一致的协议，具有法律约束力。如果合同中明确写了基本工资是3000元，那么从合同文本的角度来看，这个条款是有效的。但是，合同的实际履行情况可能并不完全受限于合同文本的表述。
二、实际履行与合同条款不一致的情况
在实际操作中，如果双方在入职时已经口头或书面（非合同文本）确认了实际发放的工资为9000元，并且一直按照这个标准进行发放，那么从实际履行的角度来看，这个9000元的工资标准是得到了双方认可的。然而，这种口头或非合同文本的确认方式存在一定的法律风险，因为一旦发生纠纷，可能难以提供充分的证据来证明双方的实际约定。
三、法律风险与纠纷隐患
证据留存问题：如果双方没有通过书面形式（如补充协议、邮件确认等）对实际工资标准进行明确，那么在发生纠纷时，可能难以证明双方的实际约定。这可能导致劳动者在主张权益时面临困难。
合同变更问题：如果双方想要变更合同中的工资条款，应该通过书面形式进行确认，并签订补充协议。这样，在发生纠纷时，才能有明确的依据来维护自己的权益。
法律后果：如果用人单位未按照合同约定或双方实际约定的工资标准支付工资，劳动者有权要求用人单位补足差额，并可能要求用人单位支付经济补偿金等。但是，如果劳动者无法提供充分的证据来证明双方的实际约定，那么其主张可能得不到法院的支持。
四、建议与措施
完善合同条款：在签订劳动合同时，双方应该尽可能明确、具体地约定工资标准、支付方式等关键条款。如果实际工资标准与合同文本不一致，应该通过书面形式进行确认，并签订补充协议。
留存证据：无论是口头约定还是书面约定，双方都应该尽可能留存相关证据。例如，可以通过邮件、短信、微信等方式进行确认，并保存好相关记录。
及时维权：如果发生纠纷，劳动者应该及时向用人单位主张权益，并保留好相关证据。如果无法协商解决，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
最后，我要强调的是，法律问题往往比较复杂，具体情况需要具体分析。如果你在这个问题上还有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供更详细、更专业的法律建议。