结论前置：实习期内擅自离职，用人单位一般不应扣工资，但需根据具体情况和实习协议的约定来判断。
法律依据与劳动者权利
《中华人民共和国劳动法》第三条明确规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利。实习生虽与用人单位之间不构成传统意义上的劳动关系，但双方之间形成的雇佣关系同样受法律保护，实习生有权获得与其付出劳动相对应的报酬。
《中华人民共和国劳动法》第五十条进一步规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款同样适用于实习生，意味着无论实习生是否擅自离职，只要其提供了劳动，用人单位就应支付相应的工资。
工资支付标准与计算
- 实习期间离职的工资计算，通常依据实习协议中的约定以及实习生实际工作的天数或小时数。如果实习协议中明确规定了实习报酬及支付方式等条款，实习单位在实习生离职时，应当按照协议约定和实际工作情况进行工资结算。
- 若实习协议未明确约定，则应参照同行业、同岗位的一般标准或实习生与用人单位协商确定的标准来支付工资。
特殊情况处理
实习协议中的特殊约定：
- 如果双方在实习协议中有特殊约定，如实习期内擅自离职需支付违约金或扣除部分工资等，应以约定为准。但需注意，该约定不得违反法律法规的强制性规定，否则无效。
- 例如，若协议中约定擅自离职需扣除的工资超过实际应得工资的合理比例，或违反了最低工资标准等规定，则该约定可能被认定为无效。
用人单位的合理扣除：
- 对于实习生擅自离职的情况，用人单位可能会根据实习协议或公司规定扣除一些费用，如因擅自离职给用人单位造成的直接经济损失、未提前通知的损失等。
- 但这些扣除必须合法且合理，不能随意扩大扣除范围或提高扣除比例。用人单位应提供充分的证据证明其损失，并确保扣除的金额与损失相当。
维权途径与建议
友好协商：
- 实习生应首先尝试与用人单位进行友好沟通，说明自己擅自离职的原因和应得工资的情况，要求用人单位按照约定支付工资。
- 在沟通过程中，应保留相关的聊天记录、通话录音等作为证据。
收集证据：
- 如果协商无果，实习生需自行收集证据，包括实习合同（或协议）、考勤记录、工作证、工资条、与用人单位的沟通记录等，以证明自己在用人单位的工作事实、工作时间以及应支付的报酬。
向劳动监察部门投诉：
- 实习生可以向当地劳动监察部门投诉，提交相关证据材料。
- 劳动监察部门有权对用人单位进行调查，责令其改正违法行为并支付工资。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果劳动监察部门的处理未能解决问题，实习生可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼。
- 通过法律途径最终解决工资纠纷问题。
注意事项与预防建议
- 实习前明确约定：在实习前应了解清楚实习工资的发放标准、支付方式以及离职时的工资结算等事项，并在实习合同中明确约定，以避免后续因工资问题产生纠纷。
- 保留证据意识：在实习期间，应保留好所有与工作相关的记录和证据，如工作记录、工资条、考勤记录等，以备不时之需。
- 了解法律途径：熟悉并掌握维护自己合法权益的法律途径，如协商、投诉、仲裁和诉讼等，以便在遇到问题时能够及时采取措施维护自己的权益。
总结：实习期内擅自离职，用人单位一般不应扣工资，但需根据实习协议的约定和实际情况来判断。如果遇到工资被克扣或拖欠的情况，实习生应依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。