结论前置：公司未足额缴纳社会保险，法院适用两年时效是否属于适用法律错误，需结合具体案情及法律依据判断，若确实存在错误，可通过上诉或申请再审等法律程序救济。以下为详细分析：

1. 时效制度的法律基础与适用范围
   根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道权利被侵害之日起计算。但需注意，社会保险争议的时效适用存在特殊性：

   • 若争议焦点为“是否缴纳社会保险”（即存在与否的争议），通常适用一年时效；
     
   • 若争议为“是否足额缴纳”（即数额差异的争议），部分法院可能参照《民法典》关于债权请求权的三年时效，或依据地方性法规（如《广东省工伤保险条例》第五十五条）适用更长期限。
     法院直接适用两年时效可能缺乏明确法律依据，需结合具体请求权基础（如《社会保险法》第六十三条）及地方司法实践综合判断。

2. 法院适用两年时效是否构成法律错误

   • 若案件性质为“补缴社会保险费”：根据《社会保险法》第八十六条，用人单位未按时足额缴纳的，由社保征收机构责令补缴，该请求权不适用诉讼时效（因涉及公共利益）。此时法院以时效为由驳回诉求，可能属于法律适用错误。
     
   • 若案件性质为“赔偿损失”（如因未足额缴纳导致养老金减少）：此类请求权可能适用一般民事时效，但两年时效的依据需明确（如地方司法文件）。若无法律或司法解释直接支持两年时效，则法院适用可能存在瑕疵。
     关键点：需审查法院裁定中引用的具体法条及地方性规定，判断其是否与上位法冲突。

3. 救济途径

   • 上诉：若在一审中败诉，可在收到判决书15日内向上一级法院提起上诉，重点论证时效适用的错误（如引用法条不当、未区分补缴与赔偿请求权等）。
     
   • 申请再审：若判决已生效，可依据《民事诉讼法》第二百零七条，以“适用法律确有错误”为由向法院申请再审，需提交新证据（如地方社保政策、类似判例）证明时效适用不当。
     
   • 行政投诉：同步向当地社保征收机构举报公司未足额缴纳行为，要求行政处理（该途径不受时效限制）。

4. 实务建议

   • 整理工资条、社保缴费记录等证据，证明公司未足额缴纳的具体数额及期间；
     
   • 检索案件管辖地的高级人民法院或中级人民法院发布的劳动争议裁判指引，确认当地对社保争议时效的司法态度；
     
   • 若法院裁定仅以“超过两年时效”为由驳回，未对请求权性质进行区分，可主张其未履行全面审查义务，构成程序违法。

总结：法院适用两年时效是否错误需结合请求权基础、地方司法实践及具体案情判断。若认为裁定有误，建议通过上诉或再审程序主张权利，并同步启动行政投诉以形成救济合力。如有进一步证据或地方规定需分析，可直接向我提供细节继续探讨。