申请劳动仲裁，单位不一定会以此为借口辞退员工。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、员工申请劳动仲裁的法定权利
员工拥有申请劳动仲裁的法定权利，这是其维护自身权益的关键手段。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，员工与用人单位之间因确认劳动关系、订立、履行、变更、解除和终止劳动合同、除名、辞退和辞职、离职、工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护、劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议，都可以申请劳动仲裁。因此，员工申请劳动仲裁是合法的，单位不能仅凭员工申请仲裁就辞退员工。
二、单位辞退员工的法定情形
单位辞退员工需要符合法定的情形，如员工严重违反公司规章制度、严重失职、营私舞弊给用人单位造成重大损害等。如果员工申请劳动仲裁的行为并未违反公司规章制度，也未给单位造成重大损失，那么单位以此为借口辞退员工就是违法的。在这种情况下，员工可以依据法律规定，要求单位恢复劳动关系或是获得违法解除劳动合同的赔偿金。
三、员工申请仲裁期间的行为影响
虽然员工申请劳动仲裁本身不会导致单位辞退，但员工在申请仲裁期间的行为可能会影响单位的决定。如果员工在申请仲裁期间有严重违反公司规定的行为，如旷工、打架斗殴等，那么单位可以依照内部规章予以辞退。因此，员工在申请仲裁期间也应遵守公司规章制度，避免给自己带来不必要的麻烦。
四、单位违法辞退的法律后果
如果单位以员工申请劳动仲裁为借口违法辞退员工，员工可以依法要求单位继续履行劳动合同或者支付违法解除劳动合同的赔偿金。赔偿金的标准为经济补偿标准的二倍，经济补偿按员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。因此，单位在决定辞退员工前应慎重考虑，避免承担不必要的法律责任。
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