劳动者旷工三天后自己主动提出离职，处理方式需根据具体情况及公司规章制度来定，但核心原则是确保处理过程合法合规，保障双方权益。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：
一、公司角度的处理流程
核实旷工事实：
- 公司应首先通过考勤记录、打卡记录、门禁记录等多种方式核实员工是否连续旷工三天，确保事实准确无误。
通知员工并确认离职意愿：
- 若员工确实旷工三天且主动提出离职，公司应书面通知员工其离职意愿已被接收，并明确离职日期、工资结算、社保手续办理等后续事宜。
- 通知中应注明，若员工因旷工给公司造成损失，公司有权依法要求赔偿。
办理离职手续：
- 员工应按通知要求的时间和地点，准备好相关材料到公司办理离职手续，包括归还公司财物、交接工作等。
- 公司应结清员工工资，并办理好社保手续，确保不随意克扣员工工资。
保留档案与资料：
- 公司应保留好员工的所有档案及相关资料，如考勤表、离职审批表、通知书等，以备后续可能的法律纠纷。
二、员工角度的注意事项
确认离职通知内容：
- 员工应及时查看公司发送的离职通知，确认通知内容，包括离职日期、工资结算、社保手续办理等。
办理离职手续或提出异议：
- 如对离职处理无异议，员工应按通知要求办理离职手续。
- 如对离职处理有异议，如认为公司规定不合理或不合法，员工可在规定时间内向公司提出申诉，说明情况和理由，并提供相应证据。
法律途径维权：
- 如果公司的规定确实侵犯了员工的合法权益，员工有权通过合法途径（如劳动仲裁、诉讼等）维护自己的权益。
- 例如，若公司无故克扣工资或未依法办理社保手续，员工可向当地劳动监管机构投诉，或向劳动仲裁委员会提出申诉。
三、法律依据与风险提示
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，员工严重违反用人单位规章制度时，用人单位可以解除劳动合同。但此处需注意，是“用人单位可以解除”，而非员工自动离职。员工主动提出离职，应视为双方协商一致解除劳动合同。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条，用人单位在解除或终止劳动合同时，应出具解除或终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
风险提示：
- 员工旷工三天后主动提出离职，虽不涉及自动离职的法定情形，但仍需按公司规定办理离职手续，否则可能影响工资结算、社保手续办理等。
- 公司应确保处理过程合法合规，不能侵犯员工的合法权益，如无故克扣工资、未依法办理社保手续等，否则可能面临法律纠纷。
建议：无论是公司还是员工，在处理旷工三天后主动离职的情况时，都应遵循相关法律法规和公司规定，确保处理过程的合法性与合规性。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以维护自身合法权益。您有任何法律问题，都可以直接向我咨询。