员工旷工三天，人事直接告知已自动离职，这种做法是否合法，主要取决于用人单位的规章制度是否合法有效且明确规定了旷工三天的后果。以下从多个角度进行分析：

一、法律层面分析

1. 法律无明确规定：我国法律并未明确规定旷工多少天即构成自动离职。自动离职在法律上并非规范表述，而是通常指劳动者不告而别、无故旷工达到一定合理期限，并表现出不再继续履行劳动合同的意思。因此，不能仅凭旷工三天就认定员工自动离职。

2. 用人单位规章制度制定权：虽然法律未明确规定旷工天数，但《中华人民共和国劳动合同法》赋予了用人单位制定规章制度的权利。这些规章制度可以规定旷工达到一定天数（如三天）作为解除劳动合同的情形之一，但前提是这些规章制度必须合法有效。

二、用人单位规章制度分析

1. 规章制度内容：用人单位的规章制度中，常见的规定是连续旷工3天或累计旷工达到一定天数（如15天）可视为严重违纪行为，并作为解除劳动合同的情形之一。这一规定必须合法、合理且经过公示，才能对员工产生约束力。

2. 规章制度有效性条件：

   • 内容合法合理：规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，且需符合企业管理逻辑和公平原则。例如，不能规定旷工一天就解除劳动合同，这样的规定可能过于严苛，缺乏合理性。
   • 经过民主程序制定：规章制度必须经过民主程序制定，如经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。这是确保规章制度合法性的重要环节。
   • 已向劳动者公示：规章制度制定后，必须向劳动者公示或告知，如通过组织员工培训、在公司显著位置张贴公告等方式，确保员工知悉相关内容。如果员工不知道规章制度的存在或内容，那么该规章制度对员工不具有约束力。

三、人事直接告知自动离职的合法性分析

1. 若规章制度合法有效且明确规定：如果用人单位的规章制度合法有效，且明确规定了旷工三天属于严重违反公司规章制度的行为，并据此可解除劳动合同，那么人事在核实员工旷工三天的事实后，可以依据该规定告知员工已自动离职（即解除劳动合同）。但在此过程中，用人单位仍需履行相应的通知和催告义务，给予员工解释和申辩的机会。

2. 若规章制度存在瑕疵或未依法履行程序：如果用人单位的规章制度未经民主程序制定，或虽制定但未向劳动者公示告知，或内容存在不合理之处（如规定的旷工天数过高），则该规章制度对劳动者不具有约束力。在此情况下，人事直接告知员工已自动离职可能构成违法解除劳动合同，需要承担相应的法律责任。

四、建议与注意事项

1. 对于用人单位：

   • 制定合法有效的规章制度，并确保其内容合理、经过民主程序制定且已向劳动者公示。
   • 在处理旷工问题时，应依据规章制度进行，避免违法解除劳动合同的法律风险。
   • 在解除劳动合同时，应履行相应的通知和催告义务，给予员工解释和申辩的机会。

2. 对于员工：

   • 应严格遵守公司的规章制度，按时出勤，以维护自身的合法权益。
   • 若认为公司规章制度中存在不合理或不合法的条款，有权向相关部门投诉或寻求法律援助。
   • 在面对人事告知自动离职的情况时，应要求公司出示相关的规章制度和解除劳动合同的依据，并核实其合法性。

综上所述，员工旷工三天，人事直接告知已自动离职是否合法，关键在于用人单位的规章制度是否有明确规定且该规定是否合法有效。如果规章制度合法有效且明确规定了旷工三天的后果，那么人事可以依据该规定告知员工已自动离职；否则，公司不能随意将旷工三天的员工视为自动离职。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。