旷工三天后，是员工自己主动办离职还是公司通知，这主要取决于公司的规章制度以及该制度是否合法有效。以下从不同角度为您详细分析：
一、公司规章制度有明确规定且合法有效
自动离职处理：
- 如果公司的规章制度中明确规定，员工连续旷工三天视为自动离职，并且该规章制度已经通过民主程序制定、内容合法且向员工进行了公示，那么员工旷工三天后，公司可以按照自动离职处理。但需要注意的是，“自动离职”并非法律术语，其实质是员工擅自离岗，若给公司造成损失，公司有权要求赔偿。
- 在此情况下，公司通常会书面通知员工其已因旷工三天达到自动离职条件，并明确指出旷工事实、公司依据的规章制度条款、自动离职生效日期等信息。员工在收到通知后，应按规定时间到公司办理离职手续。
开除处理：
- 公司也可以选择以员工严重违反规章制度为由，将旷工三天的员工开除。这同样属于《劳动合同法》中用人单位可单方面解除劳动合同的情形。但公司要确保解除劳动合同的程序合法，例如通知工会等。
二、公司规章制度无明确规定或规定不合法
公司通常的处理方式：
- 如果公司没有明确的规章制度规定旷工三天为自动离职或开除的情形，或者规章制度制定程序不合法，那么公司通常不能直接认定旷工三天为自动离职或开除员工。此时，公司可能会依据严重违反公司纪律等理由来解除劳动合同，但需要遵循合法的解除程序。
员工的权益：
- 在此情况下，员工有权要求公司按照合法的程序解除劳动合同，并支付相应的经济补偿（如果符合法定情形）。如果公司违法解除劳动合同，员工还有权要求公司支付赔偿金。
三、法律建议与注意事项
对于员工：
- 旷工三天后，无论公司如何处理，员工都应积极与公司沟通，了解处理结果和自身权益。如果对处理结果有异议，可以在规定时间内向公司提出申诉，或者通过法律途径（如劳动仲裁、诉讼等）维护自己的权益。
- 员工在离职前，应确保已经办理好所有离职手续，包括归还公司财物、交接工作、财务结算等，并保留好相关证据，以备后续可能的法律纠纷。
对于公司：
- 公司在处理旷工三天的情况时，必须确保规章制度合法有效，并遵循合法的解除程序。否则，可能构成违法解除劳动合同，需要承担相应的法律责任。
- 公司应保留好员工的所有档案及相关资料，如完备的考勤表、离职审批表、通知书等，以备后续可能的法律纠纷。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
综上所述，旷工三天后是员工自己主动办离职还是公司通知，取决于公司的规章制度以及该制度是否合法有效。在处理此类问题时，双方都应遵循法律法规和公司规定，确保处理过程的合法性与合规性。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。