针对您提出的“民办幼儿园由于超员，按本期交学费的顺序确定被分流学生是否合法”的问题，我们需要从法律和教育管理的角度进行深入分析。
首先，从法律层面来看，民办幼儿园的运营和管理必须严格遵守《中华人民共和国教育法》、《中华人民共和国民办教育促进法》以及《幼儿园管理条例》等相关法律法规。这些法律法规对幼儿园的招生、收费、教学等方面都有明确的规定和要求。
关于超员问题，幼儿园作为教育机构，其招生规模应当符合教育行政部门的规划和要求，确保教育资源的合理分配和幼儿的教育质量。如果幼儿园超员，这本身就可能违反了相关的教育管理规定，因为超员可能导致教育资源紧张，影响幼儿的教育效果。
接下来，关于按交学费顺序确定被分流学生的做法，我们需要考虑以下几点：
公平性原则：教育应当遵循公平性原则，确保所有幼儿都能享受到平等的教育机会。按交学费顺序分流可能引发对公平性的质疑，因为这可能使得经济条件较好的家庭优先获得教育资源，而经济条件较差的家庭则可能面临被分流的风险。
教育管理规定：教育行政部门通常会对幼儿园的招生和分流有明确的规定和指导。如果幼儿园的分流做法违反了这些规定，那么这种做法就是不合法的。
幼儿权益保护：幼儿作为弱势群体，其权益应当得到特别保护。按交学费顺序分流可能忽视了幼儿的个体差异和需求，对幼儿的成长和发展产生不利影响。
虽然您提供的参考信息中并未直接涉及按交学费顺序分流是否合法的问题，但我们可以从中推断出，教育行政部门对幼儿园的招生和分流有严格的管理要求，且强调教育的公平性和普及性。例如，国务院办公厅关于逐步推行免费学前教育的意见中，就明确提出了要逐步免除学前教育保育教育费，提高基本公共教育服务水平，这体现了对幼儿教育公平性的重视。
结论：民办幼儿园由于超员而按本期交学费的顺序确定被分流学生的做法，很可能违反了教育管理的公平性原则和相关规定。这种做法不仅可能损害幼儿的权益，还可能引发社会的不满和质疑。因此，这种做法是不合法的，也不符合教育管理的最佳实践。
建议民办幼儿园在面临超员问题时，应当积极与教育行政部门沟通，寻求合理的解决方案，如增加教育资源、优化招生计划等，以确保所有幼儿都能享受到公平、优质的教育。