在三人共同犯罪中，即便有两人承认而一人不承认，司法机关仍会依据全案证据来认定犯罪事实并作出相应处理。以下从不同角度为您详细分析：
一、承认犯罪者的量刑
对于承认犯罪的两人，司法机关会仔细分析他们在犯罪中的具体作用：
主犯：若被认定为主犯，意味着其在犯罪中起主要作用，通常会承担较重的刑罚。主犯的量刑会严格按照相应法律条款和既定的量刑幅度来执行，以体现其犯罪行为的严重性和社会危害性。
从犯：而从犯在犯罪中起次要或辅助作用。根据法律规定，从犯可能会从轻、减轻处罚，甚至免除处罚。司法机关在量刑时会充分考虑从犯在犯罪中的实际作用和情节，以确保量刑的公正性和合理性。
二、未承认犯罪者的处理
对于未承认犯罪的人，司法机关的处理方式如下：
证据审查：司法机关不会仅凭口供来定罪，而是会依据全案证据来认定犯罪事实。这包括物证、书证、证人证言、视听资料等多种类型的证据。只要这些证据确实、充分，足以证明未承认者参与了犯罪，司法机关就会追究其刑事责任。
定罪标准：根据“重证据、重调查研究，不轻信口供”的原则，没有被告人供述，但其他证据确实、充分的，依然可以认定被告人有罪和处以刑罚。证据确实、充分需同时满足以下条件：定罪量刑的事实都有证据证明；据以定案的证据均经法定程序查证属实；综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。
量刑考虑：对于拒不承认犯罪的嫌疑人，如果其他证据足以证明其犯罪行为，且没有从轻情节的，司法机关在量刑时可能会从重考虑。这是因为拒不认罪可能反映出犯罪嫌疑人的悔罪态度较差，对社会造成的危害较大。
三、实际案例分析
以一起盗窃案为例，假设小朱、小李和小胡共同实施了盗窃行为。案发后，小朱和小李承认了犯罪事实，而小胡拒不承认。警方通过收集现场的物证（如作案工具、被盗物品等）、证人证言（如目击者的陈述）以及视听资料（如监控录像）等综合证据，认为有足够证据证明三人都参与了盗窃。
对于小朱和小李：司法机关会根据他们在犯罪中的作用量刑。小朱作为主犯，将承担较重刑罚；小李作为从犯，可能从轻、减轻处罚或者免除处罚。
对于小胡：尽管他拒不承认犯罪，但只要全案证据确实、充分能证明其参与犯罪，他也会被追究刑事责任。司法机关会依据证据而非口供来定罪，最终判决会遵循罪责刑相适应原则，确保罚当其罪。
四、建议与提醒
如实供述：对于犯罪嫌疑人而言，如实供述自己的犯罪行为是争取从宽处理的重要途径。拒不认罪可能会错过从宽处理的机会，甚至在量刑时被从重考虑。
积极配合调查：在司法机关调查过程中，犯罪嫌疑人应积极配合调查工作，提供真实、准确的陈述和证据。这有助于司法机关查明事实真相，作出公正的判决。
寻求法律帮助：如果您或您身边的人涉及共同犯罪案件，建议及时寻求专业律师的法律帮助。律师可以为您提供法律咨询、代理申诉和辩护等服务，维护您的合法权益。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您还有其他法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。