在犯罪嫌疑人不认罪，但有两人指认的情况下，司法机关会采取一系列措施来查明案件事实，并依法作出处理。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、司法机关的处理方式
分别审讯：
- 司法机关会对犯罪嫌疑人和指认者进行分别审讯，以避免串供或相互影响。
- 在审讯过程中，会详细询问犯罪嫌疑人的作案动机、时间、地点、手段等关键信息，同时也会询问指认者的指认依据和过程。
调查取证：
- 司法机关会积极收集与案件相关的证据，包括物证、书证、证人证言、鉴定意见等。
- 通过比对和分析这些证据，可以进一步核实犯罪嫌疑人的供述和指认者的指认是否真实可靠。
综合判断：
- 司法机关会根据收集到的证据和犯罪嫌疑人的供述、指认者的指认进行综合判断。
- 如果指认者的指认与其他证据相互印证，形成完整的证据链，而犯罪嫌疑人拒不认罪且没有其他证据支持其无罪主张，那么司法机关可能会更倾向于采信有证据支持的指认。
二、可能的结果
犯罪嫌疑人面临不利后果：
- 如果其他证据足以证明犯罪嫌疑人有罪，即使其不认罪，也将面临法律的制裁。
- 同时，由于犯罪嫌疑人的不认罪态度，可能会在量刑时受到一定的不利影响，如不被认定为坦白或自首等情节。
指认者的指认效力：
- 指认者的指认如果与其他证据相互印证，将具有较高的证明力。
- 但如果指认者的指认存在矛盾或不合理之处，或者缺乏其他证据的支持，那么其指认的效力可能会受到质疑。
共同犯罪的责任划分：
- 在共同犯罪中，每个犯罪嫌疑人都应当对自己的行为负责。
- 即使犯罪嫌疑人不认罪，也不影响司法机关根据各自在犯罪中的作用和地位来划分责任。例如，如果犯罪嫌疑人是主犯，那么其将承担更重的刑事责任。
三、法律建议
对于犯罪嫌疑人：
- 如果确实无罪，应当积极配合司法机关的调查工作，提供有利于自己的证据和线索。
- 如果认罪态度好，如实供述自己的罪行，并配合司法机关的调查工作，根据法律规定，可能会获得从轻或减轻处罚的机会。
对于指认者：
- 指认者应当如实提供指认依据和过程，确保指认的真实性和可靠性。
- 如果指认者存在故意虚假指认等行为，将可能面临法律责任。
对于家属或相关人员：
- 如果家属或相关人员认为犯罪嫌疑人无罪或指认存在疑问，可以积极收集有利于犯罪嫌疑人的证据和线索，并向司法机关提供。
- 同时，也可以咨询专业律师，了解案件的法律情况和可能的处理结果，为犯罪嫌疑人提供法律帮助和支持。
总结来说，在犯罪嫌疑人不认罪但有两人指认的情况下，司法机关会通过分别审讯、调查取证和综合判断等措施来查明案件事实，并依法作出处理。犯罪嫌疑人、指认者以及家属或相关人员都应当积极配合司法机关的工作，确保案件的公正处理。如果你有任何进一步的疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。