如果公司忘记申请综合计算工时，将面临法律处罚、经济赔偿及声誉损失等多重风险。为规避这些风险，公司应立即停止违法行为，并尽快补办审批手续。以下是对此问题的详细分析：
一、面临的法律问题
违反法律法规：
- 公司未经审批擅自实行综合计算工时工作制（以下简称“综合工时制”），违反了《劳动法》及《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》等相关规定。
- 劳动行政部门有权对公司的这一违法行为进行查处，并可能责令改正及处以罚款等行政处罚。
加班费支付风险：
- 在未获得综合工时制审批的情况下，公司若按此制度计算员工的工作时间和加班工资，将被视为不合法。
- 一旦产生劳动纠纷，司法机关通常会按照标准工时制来认定员工的工作时间和加班情况，这可能导致公司需要支付更高的加班工资。
员工权益受损与纠纷：
- 员工可能因工作时间过长、加班工资计算不合理等问题与公司产生纠纷。
- 员工可能会向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，这不仅影响公司的正常经营秩序，还会对公司声誉造成负面影响。
二、解决办法与建议
立即停止违法行为：
- 公司应立刻停止未经审批的综合工时制执行，恢复到标准工时制或已经审批的其他工时制度，以避免进一步的法律风险。
尽快补办审批手续：
- 公司应向当地劳动行政部门提交综合工时制的申请材料，包括营业执照副本、申请书（明确说明申请实行综合工时制的工种或岗位、申请期限等内容）、员工代表大会或工会的意见等。
- 具体要求可能因地区而异，公司应先咨询当地劳动部门了解详细的办理流程和所需材料清单。
- 审批部门自收到申请之日起5个工作日内，应当作出是否受理的决定，并书面告知申请单位。审批部门应当自受理申请之日起20个工作日内作出是否准予实行不定时工作制或综合计算工时工作制的决定，并书面批复申请单位。因情况特殊需延长审查期限的，经本部门主管领导批准，可延长10个工作日。
与员工沟通协商：
- 公司应与受影响的员工进行充分沟通，解释情况并寻求他们的理解和支持。
- 如果因之前工时计算方式导致员工加班工资等权益受到影响，应与员工协商合理的补偿方案，以避免矛盾激化引发劳动纠纷。
承担法律责任：
- 如果因未申请综合工时制而给员工造成了损失，或者受到了劳动行政部门的处罚，公司应依法承担相应的法律责任，包括支付赔偿金、接受罚款等。
加强内部管理：
- 公司应加强对工时制度的管理，确保所有工时制度的执行都符合法律法规的要求。
- 可以设立专门的合规部门或岗位，负责监督和管理公司的工时制度执行情况，以防止类似问题再次发生。
规范工时管理：
- 在补办申请过程中以及获批之后，公司要严格规范工时管理，准确记录员工的工作时间、加班时间等信息。
- 按照法律法规和获批的综合工时制要求计算加班工资，确保员工的合法权益得到保障。
公司忘记申请综合计算工时是一个严重的法律问题，但通过立即停止违法行为、补办审批手续、与员工沟通协商、承担法律责任以及加强内部管理和规范工时管理等措施，公司可以逐步纠正这一违法行为，并确保未来的工时制度执行符合法律法规的要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。