结论：支付给小三的30万补偿协议，在支付两年后是否可以起诉要求返还，取决于该款项的性质以及赠与行为的合法性。若该款项属于夫妻共同财产且赠与行为无效，则原配或支付方有权起诉要求返还；若该款项属于个人财产或赠与行为有效，则可能无法要求返还。
分析：
款项性质：
- 夫妻共同财产：根据《中华人民共和国民法典》第一千零六十二条，夫妻在婚姻关系存续期间所得的财产，为夫妻的共同财产，归夫妻共同所有。若该30万补偿协议中的款项属于夫妻共同财产，且支付方未经原配同意擅自支付，则该行为可能无效。原配作为共同财产的所有者之一，有权要求返还。
- 个人财产：若该30万补偿协议中的款项属于支付方的个人财产，且支付方有权处分该财产，则原配或支付方可能无法要求返还。因为财产所有权人对自己的财产有处分的权利。
赠与行为的合法性：
- 无效赠与：若支付方将夫妻共同财产赠与给小三，且未经原配同意，这种行为既侵犯了原配的财产权益，也违背了公序良俗。根据相关法律规定，这种赠与行为是无效的。原配或支付方有权要求撤销该赠与，并请求小三返还财产。
- 有效赠与：若支付方将个人财产赠与给小三，且赠与行为符合法律规定（如双方自愿、无欺诈胁迫等），则该赠与行为可能有效。此时，原配或支付方可能无法要求返还。
诉讼时效：
- 一般来说，民事权利受到侵害后，权利人应在一定期限内提起诉讼以维护自己的权益。但具体诉讼时效可能因地区、案件性质等因素而有所不同。若支付方或原配在支付两年后才提起诉讼，需考虑诉讼时效是否已过。不过，在涉及夫妻共同财产的案件中，由于可能涉及复杂的财产关系和法律问题，诉讼时效的适用可能更为灵活。
建议：
- 收集证据：若支付方或原配打算起诉要求返还30万补偿协议中的款项，应首先收集相关证据，如转账记录、赠与协议、婚姻关系证明等，以证明款项的性质和赠与行为的合法性。
- 咨询律师：由于此类案件涉及复杂的法律问题和财产关系，建议支付方或原配咨询专业律师以获取更具体的法律建议。律师可以根据案件的具体情况，提供针对性的法律分析和诉讼策略。
- 考虑和解：在诉讼前，支付方或原配也可以考虑与小三进行和解，以协商的方式解决纠纷。和解可能更为高效、经济，且有助于维护双方的关系。
法律后果：
- 若法院认定赠与行为无效，则小三应返还30万补偿协议中的款项。
- 若法院认定赠与行为有效，或款项属于支付方的个人财产，则支付方或原配可能无法要求返还。
总结：支付给小三的30万补偿协议，在支付两年后是否可以起诉要求返还，需根据款项的性质和赠与行为的合法性来判断。若涉及夫妻共同财产且赠与行为无效，则有权起诉要求返还；若涉及个人财产或赠与行为有效，则可能无法要求返还。在处理此类问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。