结论前置：公司在实习期让签赔偿合同是否合法，需根据具体情况判断。一般而言，签订与实习相关的协议（如实习协议）是合法且必要的，但赔偿合同的合法性需结合协议内容、实习生身份及实习性质综合分析。

1. 实习协议与赔偿合同的性质区分

• 实习协议：属于民事合同，旨在明确实习生与用人单位的权利义务（如实习内容、报酬、期限等），受《民法典》调整。例如，大学生小张到公司实习，双方签订实习协议，约定实习报酬、工作时间等，该协议合法有效。
• 赔偿合同：若协议中约定“实习生违约需支付高额赔偿”，需审查其合理性。根据《民法典》第118条，民事主体享有债权，但赔偿条款需符合公平原则，不得显失公平或违反法律强制性规定。例如，若协议约定“实习生提前离职需赔偿公司招聘成本5万元”，可能因显失公平被认定无效。

2. 实习生身份与实习性质的影响

• 在校学生实习：根据劳动部《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第12条，在校生利用业余时间勤工助学，不视为就业，未建立劳动关系，可不签订劳动合同。但建议签订实习协议，明确双方权利义务。此时，赔偿合同需符合民事合同规则，不得违反公序良俗。
• 非在校生实习：若实习生已毕业或以就业为目的实习，可能被认定为劳动关系，需签订劳动合同。此时，赔偿条款需符合《劳动合同法》第22-25条关于服务期、违约金的规定。例如，公司为实习生提供专项培训并约定服务期，可约定违约金，但金额不得超过培训费用。

3. 赔偿合同的合法性审查要点

• 内容合法性：赔偿条款需明确、具体，且与实习生的违约行为直接相关。例如，约定“实习生泄露商业秘密需赔偿损失”合法，但约定“实习生离职需赔偿公司预期利润”可能无效。
• 程序合法性：签订赔偿合同需双方自愿，无欺诈、胁迫等情形。若公司强制实习生签订不合理的赔偿合同，可能因违反《民法典》第148-151条（欺诈、胁迫、显失公平）被撤销。
• 金额合理性：赔偿金额需与实际损失相当。例如，公司主张实习生违约导致项目延期，需提供损失证据（如额外聘请人员的费用），否则可能被法院调整。

4. 法律建议

• 对实习生：签订前仔细阅读条款，尤其是赔偿部分，必要时要求公司解释。若认为条款不合理，可拒绝签订或协商修改。
• 对用人单位：赔偿条款需合法、合理，避免因显失公平被认定无效。建议明确赔偿范围（如直接损失），并保留损失证据。
• 争议解决：若发生纠纷，可先协商；协商不成，可向劳动仲裁机构申请仲裁（若认定为劳动关系）或向法院起诉（若认定为民事合同关系）。

5. 典型案例参考

• 案例1：某公司要求实习生签订“提前离职赔偿3万元”的协议，后实习生提前离职，公司起诉要求赔偿。法院认为，赔偿金额远超公司实际损失（如招聘成本仅5000元），判决调整赔偿金额为5000元。
• 案例2：某在校生实习期间泄露公司商业秘密，公司依据实习协议要求赔偿损失。法院支持公司主张，因协议明确约定保密义务及赔偿范围，且公司提供了实际损失证据。

总结：公司在实习期让签赔偿合同是否合法，需结合协议内容、实习生身份及实习性质综合判断。建议双方签订书面协议，明确权利义务，避免后续纠纷。若有疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供专业分析。