违约金计算需以合作协议约定为准，若协议有明确条款则按约定执行；若无约定或约定不明，则需根据实际损失及法律规定综合判定。具体分析如下：

1. 协议有明确违约金条款
   若合作协议中明确约定了“未完成约定事项的违约金计算方式”（如按未完成部分的百分比、固定金额或日违约金等），则直接按协议条款执行。
   例如：协议约定“乙方未按时完成项目，需支付合同总金额10%的违约金”，则违约金=合同总金额×10%。
   注意：若违约金过高（超过实际损失30%），违约方可能请求法院或仲裁机构调整；若过低，守约方也可请求增加。

2. 协议无约定或约定不明
   若协议未约定违约金，或约定模糊（如仅写“违约方需赔偿损失”），则需根据实际损失计算：

   • 实际损失：包括直接损失（如已支付的费用、因违约导致的额外支出）和间接损失（如预期利益损失，但需证明因果关系）。
     
   • 举证责任：守约方需提供证据证明损失金额（如合同、发票、第三方评估报告等）。
     
   • 法定限制：根据《民法典》第584条，赔偿范围不得超过违约一方订立合同时预见到或应当预见到的损失。

3. 违约金与赔偿损失的关系

   • 若协议约定了违约金，守约方通常只能主张违约金，除非违约金不足以弥补实际损失，此时可同时主张违约金和差额损失。
     
   • 若未约定违约金，则直接按实际损失主张赔偿。

建议行动步骤：

1. 仔细审查合作协议中关于违约责任的条款；
   
2. 收集因乙方违约导致的损失证据（如沟通记录、费用凭证、第三方评估等）；
   
3. 若协商无果，可依据协议仲裁条款或向法院起诉，主张违约金或实际损失赔偿。
   

如有具体协议条款或损失情况，可进一步提供细节，我会帮你分析具体计算方式。