合作协议中约定的违约金计算方式主要取决于双方在协议中的具体约定，但需遵循法律规定的合理范围。具体分析如下：

1. 双方明确约定计算方式
   若合作协议中已明确约定违约金的计算方法（如按合同总金额的百分比、固定金额或按实际损失计算等），则优先按约定执行。例如：

   • 约定“违约方需支付合同总金额20%的违约金”，则直接按此比例计算；
     
   • 约定“每日按未履行部分金额的0.1%支付违约金”，则按实际违约天数累计计算。
     注意：若约定过高或过低，法院可能根据实际损失调整（详见下文“法律限制”）。

2. 未约定或约定不明时的处理
   若协议未明确违约金计算方式，或约定模糊（如仅写“违约方需赔偿损失”），则需按实际损失主张赔偿。此时需提供证据证明损失金额，例如：

   • 因违约导致的直接经济损失（如货物差价、额外支出）；
     
   • 间接损失（如预期利益损失，但需证明因果关系）。
     提示：此类情况举证难度较高，建议提前在协议中明确违约金条款。

3. 法律对违约金的限制
   根据《民法典》第五百八十五条，违约金需以实际损失为基础，过高或过低均可调整：

   • 过高调整：若违约金超过实际损失的30%，违约方可请求法院或仲裁机构减少；
     
   • 过低调整：若违约金低于实际损失，守约方可请求增加。
     示例：合同总金额100万元，约定违约金50万元，但实际损失仅20万元，法院可能将违约金调整至26万元（20万×130%）。

建议：

• 签订合作协议时，明确违约金计算方式（如固定比例、分阶段计算等），并预留调整条款（如“根据实际损失协商调整”）；
  
• 若已发生纠纷，优先协商解决；协商不成，需收集证据（如合同、损失凭证）通过法律途径主张权利。
  

如有具体协议条款或纠纷场景，可进一步向我咨询，我会结合细节提供针对性分析。