当甲方不按合同及时支付乙方合同费用时，关于违约金的计算，这主要取决于合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下是一套详细且有条理的解答方案：

一、合同有明确约定的情况

1. 固定金额违约金：

   • 如果合同中明确规定了固定的违约金数额，那么一旦甲方违约，乙方可以直接依据合同主张该固定金额的违约金。
   • 例如，合同中可能规定：“若甲方未按时支付合同款，需向乙方支付人民币X万元作为违约金。”

2. 计算比例违约金：

   • 合同中也可能约定按照逾期支付金额的一定比例来计算违约金。
   • 例如，合同可能规定：“甲方每日需按照逾期支付金额的0.5%向乙方支付违约金。”若逾期金额为100万元，逾期30天，则违约金为15万元（100万 × 0.5% × 30）。

二、合同无明确约定的情况

1. 参照贷款利率计算：

   • 在合同没有明确约定违约金计算方式时，可以参照同期同类贷款利率或者贷款市场报价利率来计算利息损失作为违约金。
   • 例如，按照中国人民银行授权全国银行间同业拆借中心公布的一年期贷款市场报价利率（如3.85%）计息。若甲方欠付合同款100万元，逾期1年，则违约金（利息损失）大致为3.85万元（100万 × 3.85%）。

2. 以实际损失为基础：

   • 如果乙方因甲方的逾期支付行为遭受了其他实际损失，如为了支付供应商款项、员工工资等而额外产生的融资成本或利息支出，乙方可以提供相关证据证明这些实际损失的存在和具体金额，并要求甲方予以赔偿。

三、违约金的调整

• 无论是按照合同约定还是法定方式计算的违约金，如果存在过高或过低的情况，当事人都可以请求法院或仲裁机构予以适当调整。
• 调整违约金时，法院或仲裁机构会综合考虑合同履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等因素。
  • 例如，若合同约定的违约金明显超出了乙方的实际损失，甲方可以向法院请求适当减少违约金数额。
  • 反之，若约定的违约金不足以弥补乙方的实际损失，乙方也可请求法院予以增加。

四、建议与总结

1. 协商沟通：

   • 在采取任何法律行动之前，乙方应首先尝试与甲方进行友好沟通，明确指出未按时付款的情况，并探讨解决方案。

2. 发送催款函：

   • 若直接沟通无果，乙方应发送正式的催款函，明确合同约定的付款条款、甲方的违约情况，并要求在一定期限内支付款项。

3. 咨询专业律师：

   • 在整个过程中，乙方应咨询专业律师的意见，以确保所采取措施的合法性和有效性。律师将帮助乙方分析案情、制定策略，并提供专业的法律支持。

4. 采取法律手段：

   • 若协商、调解均无法解决问题，乙方应考虑向有管辖权的人民法院提起诉讼或申请仲裁，以维护自身合法权益。

综上所述，甲方未按时支付乙方合同费用的违约金计算方式需根据合同中的约定或相关法律法规的规定来确定，并可根据实际情况进行适当调整。在处理此类纠纷时，建议乙方充分收集证据，咨询专业律师，以维护自身合法权益。