员工自离后没有办理离职手续，公司除了发放薪资外，是否需要支付别的赔偿，需分情况讨论：

一、公司无需额外支付赔偿的情况

根据我国《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，劳动者为用人单位提供了正常劳动，即有权获得相应的工资报酬，这一权利与劳动者是否办理离职手续并无直接关联。因此，即使员工自离且未办理离职手续，公司仍需支付其应得的工资，不能以此为由克扣或拒发。在此情况下，公司无需额外支付赔偿。

二、公司可能要求员工支付赔偿的情况

虽然员工自离未办理离职手续并不能成为公司拒绝支付工资的理由，但如果员工自离给公司造成了实际经济损失，公司有权要求员工承担赔偿责任。这一要求必须基于充分的证据证明损失的存在和具体数额，并且要通过合法的途径来主张，如协商、劳动仲裁或诉讼等。常见的因员工自离可能给公司造成的损失包括：

1. 工作交接不及时导致的业务中断损失：如员工自离导致关键项目停滞、客户流失等。
2. 招聘和培训新员工的额外费用：如因员工自离，公司需要紧急招聘和培训新员工以填补空缺。
3. 其他直接经济损失：如员工自离导致公司违反合同需支付的违约金等。

在要求员工赔偿时，公司需注意以下几点：

1. 损失证明：公司必须有充分的证据证明损失的存在，以及该损失与员工自离行为之间的直接因果关系。
2. 赔偿限制：在扣除赔偿金额时，应遵循法律法规的限制。一般来说，扣除的赔偿金额不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
3. 合法途径：公司应通过协商、劳动仲裁或诉讼等合法途径来主张赔偿，而不能直接在工资中扣除。

三、公司应采取的措施

1. 积极沟通：公司应尝试与员工进行沟通，了解其自离的原因，并要求其尽快办理离职手续，以减少可能的损失。
2. 发出书面通知：如果员工未办理离职手续，公司有义务向其发出书面通知，明确要求员工办理离职手续的时间和地点。
3. 依法解除劳动合同：若员工在通知规定的时间内仍未办理离职手续，公司可以依法解除劳动合同。但这一步骤并不影响公司支付员工应得工资的义务。
4. 保留证据：公司应保留与员工自离相关的所有证据，包括工作交接记录、招聘和培训新员工的费用凭证等，以备在要求员工赔偿时使用。

总结来看，员工自离后没有办理离职手续，公司除了发放薪资外，是否需要支付别的赔偿，取决于员工自离是否给公司造成了实际经济损失。如果造成了损失，公司有权要求员工承担赔偿责任，但需遵循法律法规的限制和合法途径来主张。如果还有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。