停薪留职期间，劳动者与用人单位之间的劳动关系依然存在，只是处于中止履行的状态。以下从不同角度对此进行详细分析：
一、合同层面
停薪留职是劳动者与用人单位通过签订协议的方式约定的，劳动者在一定期限内离开工作岗位，但保留其员工身份。此期间，双方并没有解除劳动合同的合意，劳动合同并未实质性终止或解除。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系，并应订立书面劳动合同。停薪留职并不影响劳动合同的效力，因此，劳动关系得以维持。
二、权益与义务层面
虽然劳动者在停薪留职期间不领取工资，但用人单位仍需为其保留人事档案，这是劳动关系存在的一个重要标志。同时，用人单位还需按照规定为劳动者缴纳社会保险等法定义务，而劳动者也享有如医疗期待遇等基于劳动关系产生的权益。这些权益与义务的存在，进一步证明了劳动关系的持续性。
三、法律规定层面
根据《中华人民共和国劳动合同法》第七条和第十条，用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系，并应订立书面劳动合同。停薪留职并不影响劳动合同的效力，因此劳动关系依然存在。此外，《工伤保险条例》第三十三条也规定，职工因工作原因需要暂停工作接受医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，这进一步证明了劳动关系在停薪留职期间的持续性。虽然该条款主要针对的是工伤情况，但其所体现的劳动关系持续性原则同样适用于停薪留职情形。
四、特殊情况
如果停薪留职协议中有明确约定双方劳动关系终止的条款，或者存在其他符合法定劳动关系终止的情形（如劳动者达到退休年龄、用人单位依法解散等），那么劳动关系可能会终止。但这种情况属于例外，需要具体结合停薪留职协议的具体内容和相关法律法规来综合判断。在大多数情况下，停薪留职并不导致劳动关系的终止。
五、实例分析
以员工小李为例，他与公司签订了为期三年的劳动合同，工作一年后因个人原因申请停薪留职两年，公司同意并签订了停薪留职协议。在这两年期间，虽然小李没有工资收入，但公司依然为其缴纳社保，保留其人事档案。根据以上分析，小李与公司的劳动关系在停薪留职期间是持续存在的。
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