停薪留职期间，员工通常仍与公司保持劳动关系，但具体是否保持以及保持的程度，需依据双方签订的协议、公司规章制度以及相关法律法规来确定。以下从不同角度为你详细分析：
一、停薪留职协议的约定
停薪留职通常涉及员工与公司之间签订一份特别的协议，明确双方在停薪留职期间的权利和义务。这份协议是判断双方是否保持劳动关系的关键依据。
协议内容明确保持劳动关系：如果停薪留职协议中明确约定，在停薪留职期间，员工仍为公司员工，享受公司提供的某些福利（如社保缴纳、工龄连续计算等），且公司保留员工的工作岗位或职位，那么可以认为双方在此期间仍保持劳动关系。
协议内容模糊或未明确：如果协议内容模糊，或者没有明确约定双方在停薪留职期间的劳动关系状态，那么就需要参考公司规章制度、相关法律法规以及行业惯例来判断。
二、公司规章制度的规定
除了停薪留职协议外，公司的规章制度也是判断双方是否保持劳动关系的重要依据。
规章制度明确规定：如果公司规章制度中明确规定了停薪留职期间员工仍为公司员工，享受相应待遇，那么可以认为双方在此期间仍保持劳动关系。
规章制度未规定或规定不明确：如果公司规章制度中没有相关规定，或者规定不明确，那么就需要结合停薪留职协议以及相关法律法规来判断。
三、相关法律法规的适用
在判断停薪留职期间双方是否保持劳动关系时，还需要考虑相关法律法规的适用。
《劳动法》与《劳动合同法》的相关规定：根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，劳动关系是指用人单位与劳动者之间，依法所确立的劳动过程中的权利义务关系。停薪留职期间，如果员工仍受公司管理，从事公司安排的工作（即使工作量和工作时间有所减少），且公司支付员工一定的生活费或保留员工的工作岗位，那么可以认为双方在此期间仍保持劳动关系。
特殊情况下的劳动关系认定：在某些特殊情况下，如停薪留职期间员工被外派到其他单位工作，或者员工自行找到其他工作并签订了新的劳动合同，那么原公司与员工之间的劳动关系可能会受到影响。此时，需要根据具体情况来判断双方是否仍保持劳动关系。
四、实际操作中的建议
签订明确的停薪留职协议：为了避免纠纷和误解，建议员工和公司在停薪留职前签订一份明确的协议，明确双方在停薪留职期间的权利和义务，包括是否保持劳动关系、社保缴纳、工龄计算、工作岗位保留等事项。
咨询专业律师：如果员工或公司对停薪留职期间的劳动关系状态有疑问或争议，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见和解决方案。
总结来说，停薪留职期间员工是否与公司保持劳动关系，需根据双方签订的协议、公司规章制度以及相关法律法规来确定。如果对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。