针对您应聘执业药师岗位三年半后，老板突然提出因不再使用您的证书而要减薪的情况，我们可以从法律角度进行详细分析。

首先，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，降薪属于变更劳动合同内容，必须双方协商一致才行。这意味着，如果公司想要降低您的薪资，必须与您进行充分的沟通，并达成一致意见，同时还需要签署书面的变更协议。如果公司未经您的同意就擅自降薪，那么这种行为是违法的。

接下来，我们分析您当前的情况：

1. 公司降薪的合法性：公司提出因不再使用您的证书而要减薪，但这并不是一个合法的降薪理由。除非您的劳动合同中有明确规定，或者公司能够证明您的证书不再使用与薪资水平有直接关联，并且这种关联是合理且合法的，否则公司不能单方面降薪。

2. 您的权益维护：

   • 与公司沟通：您可以首先尝试与公司进行沟通，询问降薪的具体原因和合法性，并要求公司提供合理的解释和依据。如果公司不能给出充分的理由或者解释不合理，您可以提出异议并要求恢复原来的薪资水平。
   • 查阅劳动合同和公司制度：您可以查阅自己的劳动合同和公司制度，了解公司降薪的具体规定和流程。如果公司降薪违反了合同约定或者公司制度，您可以依据这些证据来维权。
   • 投诉举报：如果公司仍然坚持不合理的降薪行为，您可以向当地劳动监察部门或者劳动仲裁机构投诉举报。这些机构会对公司的降薪行为进行调查和仲裁，保护您的合法权益。

3. 保留相关证据：在维护自身权益的过程中，建议您保留相关证据，如劳动合同、工资单、降薪通知等。这些证据将有助于您在投诉或仲裁过程中证明自己的权益。

综上所述，如果公司未经您的同意就擅自降薪，那么这种行为是违法的。您可以通过与公司沟通、查阅合同、投诉举报等方式来维护自身的合法权益。如果协商不成，您还可以考虑申请劳动仲裁来要求公司支付经济赔偿金。希望这些建议能够对您有所帮助。