结论：与连锁药店签了三年合同，用了一年的执业药师证后，第二年药店说不用了，这一行为是否合法，需根据合同具体条款、双方协商情况以及相关法律规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同条款的约定
合同期限与义务：
- 若合同中明确约定了执业药师证的使用期限为三年，且药店在此期间内无正当理由提前终止使用，则药店的行为可能构成违约。
- 反之，如果合同中并未明确约定执业药师证的具体使用期限，或者约定了药店有权在特定条件下提前终止使用，则药店的行为可能不构成违约。
违约责任：
- 若药店的行为构成违约，根据合同法的规定，药店可能需要承担违约责任，包括赔偿因此给用户造成的损失。
二、双方协商情况
协商变更合同：
- 如果药店在提前终止使用执业药师证前，与用户进行了充分协商，并达成了变更合同的协议，那么药店的行为可能是合法的。
- 协商过程中，双方应就变更后的合同条款达成一致，并确保变更后的条款不违反法律法规的强制性规定。
协商未果的处理：
- 如果双方协商未果，药店仍坚持提前终止使用执业药师证，用户可以依据合同法的规定，要求药店继续履行合同或承担违约责任。
三、相关法律规定
合同法的适用：
- 根据《中华人民共和国民法典》合同编的相关规定，合同双方应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或解除合同。
- 如果药店无正当理由提前终止使用执业药师证，且未与用户协商一致，则可能构成违约，需要承担相应的法律责任。
执业药师证的使用规定：
- 执业药师证的使用还需遵守相关行业规定和监管要求。如果药店的行为违反了这些规定，还可能面临行政处罚等法律后果。
四、建议与措施
审查合同条款：
- 用户应首先审查与药店签订的合同条款，明确双方的权利和义务，以及执业药师证的使用期限和违约责任等。
与药店协商：
- 在了解合同条款后，用户可以与药店进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。如果药店愿意继续履行合同或承担违约责任，则问题可能得到妥善解决。
寻求法律救济：
- 如果协商未果，用户可以依据合同法的规定，向法院提起诉讼或申请仲裁，要求药店承担违约责任或继续履行合同。在此过程中，用户应保留好相关证据，如合同、协商记录等，以支持自己的主张。
进一步思考：在处理此类合同纠纷时，用户应充分了解自己的权利和义务，以及相关法律法规的规定。同时，用户也应注重与药店的沟通和协商，寻求双方都能接受的解决方案。如果问题无法得到妥善解决，用户可以及时寻求法律救济，维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。