执业药师入职连锁药店后，公司要求上交证件原件保管的行为，一般是不合法的，也不合规。以下从几个角度详细分析：

法律法规角度

根据《劳动合同法》第九条的规定，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。这里的“其他证件”，通常包括但不限于学历证书、职业资格证书、执业证书等。因此，公司要求执业药师上交执业药师证原件，属于扣押劳动者证件的行为，违反了《劳动合同法》的明确规定。

实际操作与风险角度

1. 证件保管风险：将证件原件交由公司保管，执业药师可能面临证件丢失、损坏或被滥用的风险。一旦证件被不法分子利用，执业药师可能需要承担不必要的法律责任。
2. 职业自主权受限：执业药师作为专业人员，其执业证书是其从事职业活动的法定凭证。将证件交由公司保管，可能限制了执业药师的职业自主权，影响其正常执业和职业发展。
3. 劳动关系紧张：公司要求上交证件原件的行为，可能引发执业药师与公司之间的劳动关系紧张。一旦双方发生纠纷，执业药师可能因证件被扣押而处于不利地位。

合规建议

1. 拒绝上交原件：执业药师可以明确拒绝公司要求上交证件原件的要求，并告知公司此行为违反了《劳动合同法》的相关规定。
2. 协商解决方案：如果公司确实需要执业药师提供证件以进行备案或审核等合法目的，执业药师可以与公司协商，提供证件的复印件或扫描件，并加盖个人印章或签名以确认其真实性。
3. 寻求法律援助：如果公司坚持要求上交证件原件，并因此引发纠纷，执业药师可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

总结来说，执业药师入职连锁药店后，公司要求上交证件原件保管的行为是不合法且不合规的。执业药师应明确拒绝此要求，并协商提供证件复印件或扫描件等替代方案。如有需要，可寻求法律援助以维护自己的合法权益。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。