建设工程合同中约定在公司所在地起诉，具有法律效益。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律条款依据

根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。在建设工程合同中，双方约定在公司所在地（通常可视为原告住所地或合同签订地等与争议有实际联系的地点）起诉，并不违反上述法律规定，因此该约定具有法律效力。

二、约定管辖的效力

1. 对双方的约束力：一旦双方在合同中明确约定了管辖法院，该约定对双方均具有约束力。在发生争议时，双方应按照约定向指定的法院提起诉讼，而非随意选择其他法院。

2. 排除其他法院的管辖权：在约定管辖的情况下，其他未被约定的法院通常不再具有对该案件的管辖权。这有助于减少管辖权争议，提高诉讼效率。

三、实际操作的注意事项

1. 约定需明确具体：双方在约定管辖法院时，应确保约定明确具体，避免使用模糊或歧义的表述。例如，应明确指出“公司所在地”的具体地址或法院名称，以便在发生争议时能够准确确定管辖法院。

2. 不得违反级别管辖和专属管辖：虽然双方可以约定管辖法院，但该约定不得违反法律对级别管辖和专属管辖的规定。例如，对于某些特定类型的案件（如涉及不动产的纠纷），法律可能规定了特定的管辖法院，此时双方的约定不得与之相抵触。

3. 保留相关证据：在签订合同时，双方应妥善保留与约定管辖相关的证据，如合同文本、会议纪要等。这些证据在发生争议时可能起到关键作用，有助于证明双方的真实意思表示和约定内容。

四、可能面临的法律后果

如果双方在合同中明确约定了在公司所在地起诉，但一方在发生争议时却选择向其他法院提起诉讼，那么另一方可以依据合同约定和法律规定，向受诉法院提出管辖权异议。如果受诉法院经审查认为异议成立，可能会将案件移送至双方约定的管辖法院审理。

建议：在签订建设工程合同时，双方应充分考虑管辖法院的选择问题，并明确约定在合同中。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。