结论：施工合同上注明在公司当地起诉，而工程不在公司当地时，是否可以在工程所在地起诉，需根据合同中的管辖条款性质及法律规定来判断。若合同中的管辖条款有效且明确约定了公司所在地法院管辖，则一般需在公司所在地起诉；但若存在法定例外情形或管辖条款无效，则可能可以在工程所在地起诉。
分析说明：
合同管辖条款的效力：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
- 若施工合同中明确约定了“在公司当地起诉”，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，则该管辖条款通常具有法律效力。在此情况下，双方应遵循合同约定，向公司所在地的人民法院提起诉讼。
法定例外情形：
- 尽管合同中可能约定了管辖法院，但若存在法定例外情形，如合同履行地与约定管辖地不一致且符合特定条件（如建设工程施工合同纠纷可能适用不动产专属管辖），则可能可以在工程所在地起诉。
- 特别是对于建设工程施工合同纠纷，根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条的规定，农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。不动产已登记的，以不动产登记簿记载的所在地为不动产所在地；不动产未登记的，以不动产实际所在地为不动产所在地。因此，若施工合同纠纷涉及不动产（如工程所在地的不动产），则可能适用不动产专属管辖，即可以在工程所在地的人民法院提起诉讼。
管辖条款无效的情形：
- 若合同中的管辖条款存在无效情形，如违反级别管辖或专属管辖的规定、约定不明确或无法确定管辖法院等，则该管辖条款可能被认定为无效。在此情况下，双方应依据法律规定确定管辖法院，可能包括工程所在地的人民法院。
行动建议：
- 审查合同条款：首先，应仔细审查施工合同中的管辖条款，确认其是否明确约定了公司所在地法院管辖，并检查该条款是否违反级别管辖和专属管辖的规定。
- 考虑法定例外：若合同纠纷涉及不动产（如工程所在地的不动产），则应考虑是否适用不动产专属管辖的规定，从而确定是否可以在工程所在地起诉。
- 咨询专业律师：由于管辖问题可能涉及复杂的法律判断和事实认定，因此建议在实际操作中咨询专业律师，以便更准确地确定管辖法院并维护自身合法权益。
法律后果：
- 若违反合同中的有效管辖条款，在公司所在地以外的人民法院提起诉讼，则可能面临被驳回起诉或移送管辖的风险。
- 若符合法定例外情形或管辖条款无效，而在工程所在地提起诉讼，则可能得到法院的支持并顺利进行诉讼程序。
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