合同中约定向双方机构所在地法院起诉，在符合相关法律规定的前提下，通常是有效的。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据与约定有效性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条（现行有效条款），合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
约定有效性分析：
- 合同中约定“向双方机构所在地法院起诉”，若该约定明确且双方机构所在地与争议有实际联系（如合同签订地、履行地等），且不违反级别管辖和专属管辖的规定，则该约定有效。
- 这种约定赋予了双方选择在自己或对方机构所在地法院起诉的灵活性，符合法律允许的范围。
二、可能无效的情况及法律后果
可能无效的情况：
- 若“机构所在地”具体指向不明，或约定违反了级别管辖（如基层法院管辖大额案件）和专属管辖（如不动产纠纷应由不动产所在地法院管辖）的规定，则该约定可能被认定为无效。
法律后果：
- 若约定无效，则需根据民事诉讼法的一般规定来确定管辖法院。通常情况下，被告住所地或合同履行地人民法院对合同纠纷案件有管辖权。如无明确履行地，则根据争议标的性质确定合同履行地（如给付货币则为接收货币一方所在地，交付不动产则为不动产所在地等）。
三、实际操作建议与注意事项
明确约定：
- 在签订合同时，应确保管辖条款的明确性和合法性，避免使用模糊语言。例如，可以明确约定“如双方在本合同履行过程中发生争议，协商不成的，任何一方均有权向甲方机构所在地或乙方机构所在地有管辖权的人民法院提起诉讼”。
遵守级别管辖和专属管辖规定：
- 确保约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，以避免约定无效的风险。
考虑增加管辖冲突解决条款：
- 为避免潜在的管辖冲突和不必要的法律纠纷，可以在合同中增加关于管辖冲突的解决条款，如“若双方同时提起诉讼，则由最先立案的法院管辖”或“若发生管辖争议，双方应协商解决；协商不成的，由共同上级法院指定管辖”。
四、实例说明
假设甲公司与乙公司签订了一份买卖合同，并在合同中约定：“如双方在本合同履行过程中发生争议，协商不成的，任何一方均有权向甲方机构所在地或乙方机构所在地有管辖权的人民法院提起诉讼。”且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定。那么，在合同违约时，甲公司或乙公司均可根据自己或对方机构所在地选择相应的法院提起诉讼。
综上所述，合同中约定向双方机构所在地法院起诉在符合相关法律规定的前提下是有效的。但为确保约定的合法性和有效性，并避免潜在的管辖冲突和法律纠纷，建议在签订合同时明确约定管辖条款，并遵守级别管辖和专属管辖的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。