针对您提出的“员工说睡过头了不来上班，后又提交了病假单，该怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，员工因个人原因（如睡过头）未能按时到岗，这本身并不构成合法的请假理由。然而，如果员工后续能够提供有效的病假单，那么情况就需要重新评估。
处理步骤如下：
核实病假单的真实性：
- 要求员工提供完整的病假证明，包括医院出具的病假单、医嘱、病历等书面材料。
- 对病假单的真实性进行核实，可以通过联系医院或查看病假单上的防伪标识等方式进行。
审查请假手续：
- 根据公司规定，员工请病假应当提前或及时履行请假手续。如果员工未能按时履行手续，需要了解其具体原因。
- 如果员工因特殊原因（如突发疾病）未能及时履行手续，但事后能够提供有效证明，公司可以考虑给予一定的宽限期，要求其补办请假手续。
判断员工行为是否构成旷工：
- 如果员工在未履行请假手续且未提供有效病假证明的情况下缺勤，其行为可能构成旷工。
- 如果员工事后提供了有效的病假证明，但未能及时履行请假手续，公司需要根据具体情况判断其是否构成旷工。这通常取决于公司规章制度的具体规定以及员工缺勤的时长和原因。
根据公司规章制度处理：
- 根据公司制定的规章制度，对员工的缺勤行为进行相应处理。如果规章制度中明确规定了未履行请假手续且未提供有效病假证明的缺勤行为构成旷工，并规定了相应的处罚措施，那么公司可以按照规章制度执行。
- 如果规章制度中未明确规定此类情况的处理方式，或者规定较为模糊，公司可以考虑与员工进行沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。
加强沟通与教育：
- 与员工进行沟通，了解其缺勤的具体原因和困难，并给予必要的帮助和支持。
- 对员工进行规章制度的教育和培训，提高其遵守规章制度的意识和自觉性。
法律风险提示：
- 根据相关法律法规，劳动者有病或者有事时，有权向用人单位请假，但应当及时向用人单位提交请病假或者事假的书面依据。
- 如果劳动者未履行请假手续且未提供有效病假证明而缺勤，用人单位有权根据规章制度进行处理。但处理时应当遵循公平、公正、合理的原则，避免侵犯劳动者的合法权益。
综上所述，对于员工说睡过头了不来上班，后又提交了病假单的情况，公司应当核实病假单的真实性、审查请假手续、判断员工行为是否构成旷工，并根据公司规章制度进行处理。同时，加强沟通与教育也是非常重要的。