劳动争议案件双方都上诉了但没有合并立案，通常应分别进行审理，但这种情况可能引发审理进度不一、裁判结果冲突及增加当事人负担等问题，以下为具体分析：
一、分别审理的法律依据与程序
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，劳动争议案件中，若双方均提起上诉且未合并立案，法院将分别进行审理。这意味着：
- 各自行使诉讼权利：双方均有权提交证据、参加庭审、进行辩论等，独立行使诉讼权利。
- 独立判断与裁决：法院将依据法律规定和具体案件情况，对双方的诉求和证据进行独立审查，并作出相应的判决或裁定。
二、分别审理可能引发的问题
审理进度不一：
- 由于不同法院或同一法院不同审判庭分别审理，可能因案件分配、法官工作安排等因素，导致双方案件的审理进度不同。
- 一方案件可能已进入审理后期甚至作出判决，而另一方案件还处于初期阶段，影响争议的整体解决效率。
裁判结果可能冲突：
- 不同法官对相同或相关事实、法律适用的理解和判断可能存在差异。
- 若缺乏合并审理时的统一考量和沟通协调，可能出现相互矛盾的裁判结果，削弱司法公信力。
增加当事人负担：
- 双方分别进行诉讼，当事人需要分别投入时间和精力参与各自案件的诉讼活动，如提交证据、参加庭审等。
- 还可能需要承担两份案件的诉讼费用，增加了当事人的诉讼成本和负担。
三、应对策略与建议
积极沟通与协调：
- 双方可尝试通过律师或法院进行沟通，了解对方的审理进度和裁判结果预期，以便更好地协调各自的诉讼策略。
- 若发现裁判结果可能冲突，可及时向法院提出并案审理的申请或建议。
关注并案审理的可能性：
- 根据相关法律规定及司法实践，若双方均起诉且案件存在关联或相互影响，法院在分别审理后，可根据案件的实际情况综合考虑作出相应的判决或裁定，或进行并案审理。
- 双方可积极向法院提出并案审理的请求，并提供相关证据和理由支持。
准备充分的证据和理由：
- 无论是否合并立案，双方均应准备充分的证据和理由来支持自己的诉求。
- 这有助于法院在独立审查时作出公正、合理的裁决。
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