核心结论：合同签订后开工，两年后再开发票是否违规需分情况讨论，具体如下：

1. 从税务合规角度
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务或从事其他经营活动的单位和个人，在收取款项时应当向付款方开具发票。若合同已明确约定付款时间（如分期付款、验收后付款等），且发票开具时间与付款节点一致，则两年后开发票可能不违规。但若合同未约定付款时间，或实际付款时间早于发票开具时间，则可能涉嫌“延迟开票”，存在税务合规风险。税务机关可能要求补缴税款、加收滞纳金，甚至处罚。

2. 从合同履行角度
   若合同中明确约定了发票开具时间（如“验收合格后30日内开具”），而实际延迟两年未开，则构成违约。付款方有权依据《民法典》第五百七十七条，要求开票方承担继续履行、赔偿损失等违约责任。若合同未约定开票时间，则需结合交易习惯（如行业惯例）判断，若延迟开票导致付款方无法及时入账、影响税务申报或造成其他损失，付款方仍可主张违约责任。

3. 从刑事风险角度
   若延迟开票的目的是偷逃税款（如通过“体外循环”隐瞒收入），且金额达到刑事立案标准（如虚开增值税专用发票罪），则可能涉及刑事犯罪。但单纯因管理疏忽或合同纠纷导致的延迟开票，通常不构成刑事犯罪。

建议：

• 立即核对合同条款，确认是否约定了开票时间及违约责任；
  
• 若已延迟开票，尽快与对方协商补开，并留存沟通记录；
  
• 若对方拒绝补开或主张违约赔偿，可依据合同条款及法律规定通过诉讼或仲裁解决。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体处理方案。