针对您提出的“一个合同开了两次发票合法吗”这一问题，我们需要从发票开具的法律规定和实际操作两个层面来进行分析。

首先，从法律层面来看，《中华人民共和国发票管理办法》等相关法律法规并未明确规定一个合同只能开具一次发票。发票的开具主要遵循的是交易的真实性和合法性原则，即只要交易真实发生，且符合税法规定，就可以开具相应的发票。

然而，在实际操作中，一个合同开具两次发票可能会引发一些税务和法律上的风险。这主要取决于两次开具的发票内容、税率以及开具的原因。如果两次开具的发票内容、税率完全相同，且没有合理的解释（如发票遗失、损坏等需要重开的情况），那么这种行为可能会被视为重复开具发票，从而引发税务部门的关注和调查。

另外，如果合同中的交易涉及不同税率的商品或服务，理论上这些商品或服务可以分别开具发票，或者合在同一张发票上开具，但必须确保每张发票的内容和税率都是准确无误的。不过，这并不意味着可以随意为一个合同开具多次相同内容和税率的发票。

综合来看，一个合同开具两次发票是否合法，主要取决于开具的原因、发票的内容和税率是否一致，以及是否符合税法规定。如果是因为发票遗失、损坏等合理原因需要重开，且新开具的发票内容、税率与原发票一致，那么这种行为是合法的。但如果是因为其他非合理原因（如为了逃避税收、套取资金等）而重复开具发票，那么这种行为就是违法的，可能会面临税务部门的处罚。

因此，建议您在开具发票时务必遵循税法规定和交易的真实性原则，确保每张发票的开具都是合理、合法的。如果遇到任何疑问或不确定的情况，建议及时咨询专业的税务顾问或律师以获取准确的法律意见。