针对您提出的问题，即总包单位已把款付清给分包单位，但分包单位不肯支付款项给包工头的情况，我们可以从以下几个方面来详细分析和解答：
一、明确法律关系与责任
首先，我们需要明确的是，分包单位作为直接与包工头（或其代表的劳务人员）形成雇佣关系的主体，有法定的支付款项（如工资、劳务费等）的义务。总包单位在已经履行完对分包单位的付款义务后，原则上不再对分包单位与包工头之间的款项支付问题承担直接责任，除非存在特定的监管义务或合同约定。
二、包工头的维权途径
与分包单位协商：
- 包工头应首先尝试与分包单位进行友好协商，明确告知其支付款项是法定义务，并要求其说明未支付的原因，同时给出明确的支付时间表。
- 如果分包单位因资金周转等暂时困难而无法立即支付，包工头可以与其协商确定一个合理的支付期限。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，包工头可以向当地的劳动监察部门投诉。
- 劳动监察部门有权对分包单位的用工及款项支付情况进行调查，并可以责令其限期支付款项。
- 如果分包单位拒不执行，劳动监察部门还可以依法对其作出处罚。
申请劳动仲裁或诉讼：
- 包工头还可以收集能证明劳动关系及款项数额的证据（如劳动合同、考勤记录、工资条、劳务合同等），向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 仲裁委员会将依法审理并作出裁决，要求分包单位支付款项。
- 如果对仲裁结果不满意，包工头还可以向法院提起诉讼。
三、总包单位的潜在责任
- 在某些特定情况下，如果总包单位未能证明其已尽到监督管理义务，确保分包单位支付包工头的款项，那么总包单位可能也需要承担一定的连带责任。
- 但这种情况通常需要具体的证据和法律条款来支持，且不是普遍现象。
四、建议与总结
- 保留证据：包工头在与分包单位合作过程中，应妥善保留所有与款项支付相关的证据，以备不时之需。
- 及时维权：一旦发现分包单位有拖欠款项的行为，包工头应及时采取行动，通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。
- 寻求专业帮助：如果包工头在维权过程中遇到困难或不确定如何操作，可以寻求专业律师或法律机构的帮助。
综上所述，当总包单位已把款付清给分包单位，但分包单位不肯支付款项给包工头时，包工头可以通过与分包单位协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。同时，总包单位在特定情况下也可能需要承担一定的连带责任。